Tingginya indeks pertanaman padi di Indonesia merupakan salah satu alasan meningkatnya penggunaan input kimia. Hal ini menjadi salah satu penyebab menurunnya kualitas tanah sawah di Indonesia. Tujuan penelitian ini adalah mengklasifikasikan dan mengidentifikasi keragaman bakteri potensial pada rizosfer tanaman padi. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode enumerasi, uji biokimia (karakterisasi bakteri), dan klasterisasi bakteri. Analisis lebih lanjut dari hasil pengelompokan adalah identifikasi molekuler untuk mengidentifikasi bakteri potensial hingga tingkat spesies. Dari hasil perhitungan jumlah bakteri, jumlah total bakteri tertinggi diperoleh pada lokasi yang dilakukan di lokasi dengan sistem pertanian alami. Jumlah isolat terendah diperoleh pada lokasi dengan sistem konvensional. Sebanyak 33 isolat murni berhasil diisolasi dari dua lokasi persawahan di Desa Sallasee, Kabupaten Bulukumba. Setelah dilakukan pengelompokan bakteri potensial, diperoleh enam isolat bakteri potensial pada lokasi dengan sistem pertanian alami. Keenam bakteri tersebut berpotensi karena dapat menambat nitrogen, melarutkan fosfat, IAA, enzim selulosa, dan enzim katalase. Hasil identifikasi spesies secara molekuler ditemukan tiga spesies Bacillus Subtilis (LK.2.5, LK.2.12, dan LK.2.1), juga ditemukan dua spesies Brevundimonas dengan spesies yang berbeda, yaitu isolat (LK.2.13) dan Brevundimonas diminuta strain BZC3 isolat LK. 2.8. Sementara itu isolat LK.2.2 diidentifikasi sebagai Pseudomonas azotoformans strain S4. Kemiripan spesies bakteri yang teridentifikasi antara 97% - 99% dengan data Gen Bank di NCBI. Kemampuan fungsional setiap bakteri sangat bervariasi tergantung pada spesies dan strain masing-masing bakteri.