Benih padi memiliki peranan yang sangat penting dalam meningkatkan produktivitas tanaman padi. Beberapa tahapan proses pasca panen dilakukan dalam memproduksi benih padi. Proses ini meliputi pengeringan (drying), pembersihan (blowering), pengawasan, pengujian benih (seed testing), dan pengemasan. Proses pembersihan calon benih padi menghasilkan limbah produksi berupa campuran butir hampa, sekam dan jerami yang kurang bermanfaat dan tidak memiliki nilai ekonomis. Penelitian ini bertujuan untuk menemukan metode yang tepat untuk dapat memanfaatkan dan meningkatkan nilai ekonomis limbah produksi hasil pembersihan benih padi dalam bentuk pupuk organik. Metode yang digunakan dalam pengolahan limbah ini adalah metode ember tumpuk. Limbah difermentasi di dalam ember yang ditumpuk menggunakan larutan EM4 dengan 2 formulasi berbeda selama 6 minggu hingga limbah terurai menjadi pupuk organik. Pupuk organik yang dihasilkan kemudian dijemur selama 3 jam guna menurunkan kadar air pupuk. Berdasarkan hasil pengujian, diperoleh bahwa pupuk organik Formulasi 1 (F1) memiliki nilai kadar air 31,94%, derajat keasaman 6,86, kandungan unsur makro C-Organik sebesar 16,80%, N-Total sebesar 1,010%, Rasio C/N 16,63, P2O5 sebesar 0,357%, K2O sebesar 0,811% dan nilai mutu hedonik 5,0 (Cokelat kekuningan). Sementara itu, pupuk organik Formulasi 2 (F2) memiliki nilai kadar air 37,56%, derajat keasaman 7,19, kandungan unsur makro C-Organik sebesar 14,79%, N-Total sebesar 0,968%, Rasio C/N 15,28, P2O5 sebesar 0,271%, K2O sebesar 0,747% dan nilai mutu hedonik 6,2 (Cokelat-Cokelat kehitaman). Pupuk organik F2 telah memenuhi standar kualitas kompos SNI 19-7030-2004.