Penentuan tingkat pencemaran air dilakukan untuk melakukan pemantauan pencemaran kualitas air. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sebaran spasial status mutu air dan penentuan tingkat pencemaran di perairan muara Sungai Kapuas berdasarkan metode Indeks Pencemaran. Penelitian ini pada dilaksanakan bulan Juli 2017, pengumpulan data berupa pengambilan sampel kualitas air fisika, kimia dan biologi dengan menggunakan metode Porposiv Sampling dari 13 lokasi sampling, masing-masing nilai parameter diklasifikasikan mengacu pada “Kepmen LH No 51 Tahun 2004 tentang Baku Mutu Air Laut untuk Biota laut” sehingga terbentuk sebaran spasial status mutu air. Tahap berikutnya melakukan analisis data berupa pengisian data dan atribut dari masing-masing parameter dengan mengacu pada “Kepmen LH No 115 Tahun 2003 tentang Pedoman Penentuan Status Mutu Air” sehingga menghasilkan tingkat pencemaran di perairan muara Sungai Kapuas. Sebaran spasial parameter kualitas air yang memenuhi baku mutu diantaranya DO, BOD5, pH. Sedangkan tidak memenuhi baku mutu diantaranya yaitu Suhu, TSS, Kecerahan, Salinitas, Fosfat dan Nitrat. Keadaan fitoplankton di lokasi penelitian mempunyai tingkat keanekaragaman sangat stabil, keseragaman sangat merata dengan kategori sangat baik. Berdasarkan hasil perhitungan Indeks Pencemaran disimpulkan bahwa kondisi perairan Muara Sungai Kapuas tergolong dalam kategori tercemar sedang.