Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaruh implementasi Sistem Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah (SAKIP) terhadap penerapan prinsip-prinsip Good Government Governance pada Balai Besar Pengawas Obat dan Makanan (BBPOM) di Gorontalo. Latar belakang penelitian ini berangkat dari urgensi peningkatan kualitas tata kelola pemerintahan yang akuntabel, transparan, terbuka, dan berlandaskan hukum, terutama dalam menghadapi berbagai tantangan pengawasan di sektor publik. Penelitian ini menggunakan pendekatan kuantitatif dengan metode explanatory research, di mana data dikumpulkan melalui penyebaran kuesioner kepada 30 responden dan dianalisis menggunakan regresi linier sederhana. Hasil penelitian menunjukkan bahwa implementasi SAKIP berpengaruh signifikan terhadap penerapan Good Government Governance di BBPOM Gorontalo, dengan nilai signifikansi sebesar 0,000 dan koefisien determinasi (R²) sebesar 0,684. Hal ini mengindikasikan bahwa 68,4% variasi dalam penerapan prinsip-prinsip tata kelola yang baik dapat dijelaskan oleh kualitas pelaksanaan SAKIP. SAKIP terbukti tidak hanya sebagai perangkat teknis birokrasi, tetapi juga sebagai instrumen penting dalam menciptakan tata kelola yang partisipatif dan bertanggung jawab. Namun demikian, efektivitas implementasi SAKIP masih menghadapi tantangan, terutama dalam hal pengawasan substansial di lapangan, seperti kasus peredaran kosmetik ilegal dan obat berbahaya. Oleh karena itu, dibutuhkan penguatan dalam sistem pengawasan, pelaporan kinerja yang berbasis data, serta internalisasi budaya kerja yang berorientasi pada akuntabilitas. Penelitian ini menyimpulkan bahwa integrasi antara SAKIP dan prinsip Good Governance merupakan kunci untuk membangun pemerintahan yang adaptif, transparan, dan dipercaya publik.