Penelitian ini bertujuan untuk mengungkap tantangan yang dihadapi oleh guru dalam mengembangkan kemampuan berpikir kritis siswa kelas XI MA melalui kegiatan penulisan karya ilmiah. Kemampuan berpikir kritis siswa dianalisis berdasarkan enam indikator dari Facione, namun penelitian ini memfokuskan pada lima indikator utama: interpretasi, analisis, evaluasi, inferensi, dan penjelasan. Pendekatan yang digunakan adalah kualitatif dengan data utama berupa paragraf dari artikel ilmiah yang ditulis oleh siswa. Teknik pengumpulan data meliputi observasi dan wawancara. Analisis data dilakukan berdasarkan kerangka berpikir kritis yang dikembangkan oleh Facione. Lokasi penelitian berada di MA Al-Ittihad Belung, Poncokusumo dengan sumber data meliputi: (1) guru mata pelajaran, (2) tulisan ilmiah siswa, dan (3) siswa kelas XI dengan tingkat kemampuan inferensi yang beragam. Fokus utama dari penelitian ini adalah mengidentifikasi beragam kesulitan yang dihadapi guru dalam membimbing siswa agar mampu berpikir kritis melalui proses penulisan ilmiah. Hasil penelitian menunjukkan bahwa siswa masih mengalami hambatan dalam beberapa aspek berpikir kritis, seperti memahami informasi secara tepat, menganalisis serta mengevaluasi argumen secara logis, dan menarik kesimpulan yang sahih. Penelitian ini memiliki makna penting karena kegiatan menulis artikel ilmiah di tingkat MA menuntut kemampuan berpikir kritis yang sistematis, sementara bimbingan dalam aspek ini belum sepenuhnya diterapkan secara optimal dalam pembelajaran di kelas.