Rendahnya cakupan skrining Hipotiroid Kongenital (SHK) pada bayi baru lahir di Indonesia, termasuk di Kabupaten Kupang, berisiko meningkatkan angka keterlambatan diagnosis dan kecacatan perkembangan anak. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi implementasi Program SHK berdasarkan Permenkes No.78 Tahun 2014 di Kabupaten Kupang. Penelitian ini merupakan studi kualitatif deskriptif analitik dengan pengumpulan data melalui wawancara mendalam dan Focus Group Discussion terhadap 15 informan dari Dinas Kesehatan dan RSUD Naibonat. Analisis data dilakukan menggunakan pendekatan thematic analysis dengan triangulasi sumber dan metode untuk menjaga validitas. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pelaksanaan SHK masih menghadapi kendala pada aspek input (SDM belum terlatih, logistik terbatas), proses (perencanaan dan koordinasi belum maksimal), dan output (cakupan skrining masih rendah). Belum adanya regulasi teknis daerah serta lemahnya jejaring antarinstansi turut memengaruhi efektivitas pelaksanaan program. Kesimpulannya, implementasi Program SHK di Kabupaten Kupang belum berjalan optimal dan memerlukan penguatan dalam aspek sumber daya, tata kelola, serta kebijakan pendukung.