Permasalahan pencemaran lingkungan hidup di Indonesia terus mengalami peningkatan seiring dengan pesatnya aktivitas industri, urbanisasi, dan eksploitasi sumber daya alam. Meski telah diatur dalam Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2009 tentang Perlindungan dan Pengelolaan Lingkungan Hidup, pelaksanaan penegakan hukum terhadap pelaku pencemaran masih menghadapi berbagai kendala, khususnya dalam aspek pembuktian di pengadilan. Dalam situasi demikian, prinsip In Dubio Pro Natura menjadi relevan untuk diterapkan sebagai asas hukum lingkungan yang mengutamakan keberpihakan kepada alam saat terjadi keraguan dalam proses peradilan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis eksistensi dan urgensi prinsip In Dubio Pro Natura dalam sistem hukum lingkungan Indonesia serta potensi penerapannya dalam penegakan hukum terhadap pelaku pencemaran lingkungan. Metode penelitian yang digunakan adalah yuridis normatif dengan pendekatan perundang-undangan, konseptual, dan komparatif terhadap praktik hukum lingkungan di beberapa negara yang telah menerapkan prinsip tersebut. Hasil penelitian menunjukkan bahwa meskipun prinsip In Dubio Pro Natura belum diatur secara eksplisit dalam hukum positif Indonesia, substansi dan semangatnya telah tercermin dalam prinsip kehati-hatian dan prinsip tanggung jawab negara dalam menjaga kelestarian lingkungan. Penerapan prinsip ini dipandang penting untuk memperkuat posisi hukum lingkungan dalam menghadapi berbagai tantangan pembuktian, sekaligus sebagai langkah progresif dalam mewujudkan keadilan ekologis. Penelitian ini merekomendasikan agar prinsip In Dubio Pro Natura diakomodasi secara tegas dalam peraturan perundang-undangan nasional dan diterapkan dalam praktik peradilan lingkungan guna memastikan perlindungan maksimal terhadap alam serta memberikan kepastian hukum bagi masyarakat dalam memperoleh hak atas lingkungan hidup yang baik dan sehat.