Hasil belajar peserta didik pada mata pelajaran biologi di SMA St Arnoldus Janssen Kupang masih rendah, hal ini dikarenakan, pada saat proses pembelajaran berlangsung, tidak semua peserta didik aktif terlibat atau berpartisipasi aktif dalam pembelajaran, hanya beberapa di antaranya yang berpartisipasi dari awal hingga akhir. Selain itu, kurangnya kreativitas guru, seperti dalam pemanfaatan media pembelajaran, juga mempengaruhi efektivitas pembelajaran. Untuk meningkatkan interaksi dan hasil belajar peserta didik maka perlu diterapkan model pembelajran yang lebih melibatkan peserta didik dalam pembelajran salah satunya model Discovery Learning dengan berbantuan media alat peraga. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh model Discovery Learning berbantuan medi alat peraga terhadap hasil belajar peserta didik kelas XI pada materi Sistem Pernapasan Pada Manusia di SMA Santo Arnoldus Jansen Kupang.Jenis penelitian ini adalah penelitian kuantitatif dengan metode Quasi Eksperimen. Desain penelitian yang digunakan Nonequivalent Control Group Design. Pengambilan sampel dilakukan dengan menggunakan teknik Purposive sampling dimana populasi dalam penelitian ini adalah seluruh peserta didik kelas XI dan sampel dalam penelitian ini terdiri dari 2 kelas yaitu kelas XI A sebagai kelas eksperimen menggunakan model Discovery Learning berbantuan media alat peraga dan kelas XI B sebagai kelas kontrol menggunakan model pembelajaran langsung. Teknik analisis data dalam penelitian ini yaitu dengan menggunakan analisis deskriptif dan analisis inferensial.Hasil penelitian menunjukan bahwa rata-rata hasil belajar peserta didik kelas eksperimen diperoleh nilai pretest 56,75 meningkat menjadi 83,75 setelah diberi posstest dan diperoleh nilai rata rata N-Gain sebesar 0,66 dengan kategori Tinggi. Sedangkan pada kelas kontrol diperoleh nila pretest 53 meningkat menjadi 69,25 setelah diberi posstest dan diperoleh nilai rata rata N-Gain sebesar 0,35 dengan kategori rendah. Jumlah peserta didik yang tuntas pada kelas eskperimen 85% dan yang tidak tuntas berjumlah 15%, sedangkan pada kelas kontrol, jumlah peserta didik yang tuntas 40% dan yang tidak tuntas berjumlah 60%. Berdasarkan hasil uji anacova, menunjukkan bahwa nilai probabilitas (sig) 0,001 lebih kecil dari taraf signifikan yang digunakan yaitu 0,05.Kesimpulan dari penelitian ini adalah model Discovery Learning berbantuan media alat peraga berpengaruh terhadap hasil belajar peserta didik kelas XI pada materi sistem pernapasan pada manusia di SMA St Arnoldus Jansen Kupang tahun ajaran 2024/2025.