Perairan selatan Maluku memiliki kondisi suhu permukaan laut (SPL) yang sering berubah. Perubahan SPL ini dapat mempengaruhi konsentrasi klorofil-a. Penelitian ini bertujuan menganalisis hubungan antara SPL dengan konsentrasi klorofil-a di perairan selatan Maluku selama periode tahun 2015–2023, khususnya pada periode ENSO (El Niño dan La Niña). Penelitian ini menggunakan citra MODIS untuk mendapatkan data spasial SPL dan konsentrasi klorofil-a rata-rata bulanan tahun 2015-2023. Peta sebaran SPL dan konsentrasi klorofil-a dibuat berdasarkan interpolasi Kriging pada perangkat lunak ArcGIS. Tingkat hubungan antara SPL dan konsentrasi klorofil-a ditentukan berdasarkan nilai koefisien korelasi Pearson. Berdasarkan hasil analisa, didapatkan bahwa pada kondisi El Niño saat musim timur (Juni hingga Agustus 2023), rata-rata SPL 27,5°C dengan rata-rata konsentrasi klorofil-a 0,36 mg/m3 Pada kondisi normal (Juni - Agustus 2021), rata-rata SPL 28°C, dengan rata-rata konsentrasi klorofil-a 0,34 mg/m³. Pada kondisi La Niña (Juni - Agustus 2022), rata-rata SPL 28,4°C, dengan rata-rata konsentrasi klorofil-a 0,34 mg/m³. Peta sebaran menunjukkan bahwa sebaran SPL dan konsentrasi kolorofil-a selama ENSO tidak berbeda signifikan di perairan selatan Maluku.. Secara tahunan, antara SPL dan konsentrasi klorofil-a menunjukkan hubungan negatif dengan nilai r = -0,961. Sedangkan pada saat ENSO, didapatkan hubungan positif, dengan r = 0,996 saat El Niño , dan r = 0,993 saat La Niña. Disimpulkan bahwa di perairan Selatan Maluku tidak menunjukkan perubahan signifikan pada pola sebaran SPL dan konsentrasi klorofil-a saat periode ENSO, namun menunjukkan perbedaan hubungan antara SPL dengan konsentrasi klorofil-a.