Kontaminasi mikroba pada rempah dapat disebabkan oleh faktor lingkungan seperti suhu, kelembaban, kondisi sebelum dan pasca panen, serta kondisi tempat penyimpanan rempah tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui tingkat sanitasi dan higiene pedagang rempah (kunyit, lada dan pala), menentukan total cemaran mikroba kontaminan, dan menentukan faktor intrinsik dan ekstrinsik yang dapat mempengaruhi cemaran mikroba pada rempah. Penelitian ini menggunakan metode survey yang dilakukan pada 2 pasar tradisional di kota Manokwari. Analisis data diolah menggunakan PCA (Principal Component Analysis). Hasil penelitian menunjukkan bahwa tingkat sanitasi dan higiene pedagang rempah di pasar tradisional kota Manokwari berada pada kategori kurang sampai cukup dengan persentase skor PSAT (Pangan Segar Asal Tumbuhan) 44-71% pada pasar Sanggeng, dan 44-65% untuk pasar Wosi. Pedagang di pasar Sanggeng dan Wosi dengan sanitasi tertinggi dikodekan sebagai ST dan WT sedangkan pedagang dengan sanitasi terrendah dikodekan sebagai SR dan WR. Rata-rata Angka Lempeng Total dan Angka Kapang Khamir untuk sampel kunyit dan pala dari pedagang ST, kunyit, lada, dan pala dari pedagang SR, lada dan pala dari pedagang WT dan WR, masih di bawah batas maksimum dari standar yang telah ditetapkan SNI 01-3709-1995. Sedangkan sampel lada dari pedagang ST dan kunyit dari pedagang WT dan WR, memiliki total bakteri TBUD (terlalu banyak untuk dihitung), artinya sudah melewati batas maksimum standar SNI 01-3709-1995 yaitu maksimal 106 CFU/g. Faktor intrinsik yang dapat mempengaruhi cemaran mikroba pada rempah adalah nilai aktivitas air dan kadar air, sedangkan faktor ekstrinsik yang dapat mempengaruhi cemaran mikroba adalah kelembaban relatif dan suhu lingkungan di pasar.