Perkembangan Kota Ambon sebagai ibu kota Provinsi Maluku dan kota Orde I dalam lingkup wilayah Provinsi Maluku memicu perkembangan struktur dan pola ruang meluas ke kawasan pesisir. Dampak pembangunan yang tidak terkendali turut mempengaruhi ekosistem mangrove berupa berkurangnya luasan lahan hutan mangrove di beberapa wilayah di Kota Ambon. Dengan mengamati komunitas mangrove di Teluk Ambon dilakukan pada wilayah perairan pantai Negeri Passo, Waiheru, Nania, Negeri Lama, dan Poka, yang mewakili wilayah Teluk Ambon Dalam dan Negeri Tawiri, yang mewakili wilayah Teluk Ambon Luar. Dengan metode eksploratif dan teknik pengolahan data citra, pengamatan dan analisa dampak. Hasil penelitian menunjukan pengurangan luasan hutan mangrove dipengaruhi oleh wilayah pemanfaatan untuk permukiman penduduk, jembatan dan Pelabuhan, Pasar Mardika, Hotel/Penginapan, Restoran dan Café, tempat rekreasi, fasilitas kesehatan, penambangan bahan galian C, pertanian, docking, perikanan tangkap, perikanan budidaya, tempat pembuangan sampah, Dampaknya adalah komunitas mangrove tidak banyak ditemukan pada Teluk Ambon Bagian Luar karena pengaruh arus dan gelombang yang relatif besar dan perairan Teluk Ambon Bagian Luar ekosistem mangrove hanya ditemukan pada wilayah pantai Negeri Tawiri. Komposisi spesies mangrove pada wilayah Teluk Ambon secara keseluruhan, diperoleh 19 Spesies mangrove sejati tergolong dalam 10 famili dan 13 genus. Jumlah spesies mangrove pada perairan Teluk Ambon lebih rendah dibandingkan jumlah spesies mangrove di Indonesia. Indikator dampak juga ditunjukkan dengan nilai kualitas air sungai yang tidak sesuai dengan baku mutu (bau, warna, DO, BOD, COD dan keberadaan E. coli), semakin meningkatnya sampah padat yang dihasilkan, serta tingginya sedimentasi pada beberapa wilayah mangrove di perairan Teluk Ambon