Perairan utara Jawa merupakan wilayah tropis dangkal yang tidak dipengaruhi secara langsung oleh samudra lepas, tetapi sangat dipengaruhi oleh sistem monsun Australia–Asia. Variasi musiman yang dihasilkan oleh sistem ini menyebabkan fluktuasi signifikan pada curah hujan, suhu permukaan laut (SPL), dan produktivitas perairan yang diindikasikan oleh konsentrasi klorofil-a. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis hubungan antara curah hujan baik di darat maupun di laut terhadap distribusi SPL dan klorofil-a di wilayah pesisir dan laut lepas perairan utara Jawa. Metode yang digunakan bersifat kuantitatif berbasis penginderaan jauh dengan pemanfaatan data harian selama periode 2007–2021, meliputi OC-CCI v5.0 untuk klorofil-a, OSTIA L4 (SPL), GSMaP (curah hujan), dan ASCAT (angin). Data diolah menggunakan Interactive Data Language (IDL) melalui komposit bulanan dan klimatologi musiman. Hasil analisis menunjukkan bahwa curah hujan dan SPL memiliki hubungan timbal balik yang kompleks. Peningkatan suhu permukaan laut dapat meningkatkan intensitas curah hujan, namun disisi lain, curah hujan yang tinggi dapat menurunkan SPL akibat pencampuran air hujan bersuhu lebih rendah dengan air laut. Di wilayah pesisir, peningkatan curah hujan daratan memperbesar debit sungai yang berkontribusi terhadapnya masukan nutrien dan selanjutnya menaikkan konsentrasi klorofil-a di perairan pantai. Sementara itu, di laut lepas, pengaruh angin lebih dominan dalam mengontrol variasi SPL dan klorofil-a melalui proses pengadukan vertikal. Secara keseluruhan, hasil penelitian ini menunjukkan bahwa dinamika atmosfer dan laut membentuk interaksi yang kuat dalam mengendalikan variabilitas termal dan produktivitas perairan di pesisir utara Jawa.