Tata kelola di Universitas Islam Negeri (UIN) sangat dipengaruhi oleh kejelasan batasan kewenangan antara pejabat administratif dan pejabat akademik. Penelitian ini dilakukan karena adanya disharmoni kewenangan pada Undang-Undang Aparatur Sipil Negara dan Undang-Undang tentang Pendidikan Tinggi. Dampak atas disharmoni kewenangan tersebut berpotensi menghambat tata kelola pendidikan pada UIN. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkaji Kewenangan Pejabat Pimpinan Tinggi Pratama pada UIN dari sudut pandang hukum administrasi negara serta mengidentifikasi perlunya rekonstruksi norma guna memperkuat prinsip Good University Governance pada UIN. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah pendekatan yuridis-normatif dengan analisis kualitatif terhadap peraturan, literatur akademis, dan informasi empiris terkait praktik pembagian kewenangan di lingkungan Universitas Islam Negeri. Temuan dari penelitian ini menunjukkan bahwa ketidakselarasan antara sistem hukum pada Undang-Undang Aparatur Sipil Negara dengan Undang-Undang Pendidikan Tinggi menimbulkan disharmoni antara kewenangan pengelolaan administratif dan kebebasan akademik, sehingga menghambat proses pengambilan keputusan dalam tata kelola UIN. Oleh karena itu, diperlukan peninjauan kembali atas peraturan yang diberlakukan untuk memperjelas batas kewenangan antara Pejabat Pimpinan Tinggi Pratama dengan pejabat akademik, memperkuat mekanisme kontrol internal, serta mengintegrasikan prinsip transparansi, akuntabilitas, efektivitas, dan kebebasan akademik dalam seluruh aspek pengelolaan universitas. Implikasi dari penelitian ini menegaskan bahwa penyelarasan regulasi dan desain institusi yang fleksibel adalah syarat penting untuk mewujudkan pengelolaan universitas yang profesional, berintegritas, dan sejalan dengan semangat reformasi birokrasi serta otonomi pendidikan tinggi di Indonesia.