Latar belakang dari pengembangan ini adalah rendahnya motivasi belajar dan literasi kesehatan reproduksi peserta didik akibat keterbatasan bahan ajar yang kontekstual, interaktif, dan relevan. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan E-Modul Problem Based Learning (PBL) dengan pendekatan Socio-Scientific Issues (SSI) pada materi sistem reproduksi tentang HIV-AIDS untuk meningkatkan motivasi belajar dan literasi kesehatan reproduksi peserta didik kelas XI di Serui, Papua. Penelitian ini mengintegrasikan model PBL untuk mendorong pemecahan masalah berbasis kehidupan nyata serta pendekatan SSI untuk membangun kesadaran peserta didik terhadap isu sosial yang berkaitan dengan materi pembelajaran. Penelitian ini merupakan penelitian dan pengembangan (Research and Development) menggunakan model ADDIE (Analysis, Design, Development, Implementation, Evaluation). Subjek penelitian ini adalah peserta didik kelas XI MIPA 2 dan MIPA 6 di SMA Negeri 1 Serui tahun ajaran 2024/2025. Teknik pengumpulan data meliputi wawancara, angket, dan tes. Instrumen yang digunakan telah divalidasi oleh ahli materi, ahli media, dan praktisi (guru dan peserta didik), yang menunjukkan kategori “sangat valid” untuk aspek kelayakan isi, media, dan bahasa. Uji kepraktisan dilakukan dengan menyebarkan angket kepada guru dan peserta didik, sedangkan uji keefektifan dilakukan melalui pretest dan posttest menggunakan analisis MANOVA, setelah sebelumnya diuji normalitas, homogenitas, dan multikolinieritas. Hasil penelitian menunjukkan bahwa E-Modul PBL dengan SSI yang dikembangkan valid, praktis, dan efektif. Validitas media dan instrumen penelitian mencapai skor lebih dari 90% yang dikategorikan “sangat valid”. Kepraktisan menurut peserta didik dan guru juga sangat tinggi dengan skor di atas 90. Analisis MANOVA menunjukkan bahwa terdapat perbedaan signifikan antara kelas eksperimen dan kontrol dalam hal motivasi belajar dan literasi kesehatan reproduksi, yang mengindikasikan bahwa E-Modul efektif dalam meningkatkan kedua variabel tersebut. Berdasarkan hasil tersebut, disarankan agar guru biologi di wilayah dengan tantangan kontekstual seperti Papua memanfaatkan E-Modul ini sebagai bahan ajar tambahan yang relevan dan aplikatif dalam mendukung pembelajaran kontekstual dan meningkatkan kesadaran peserta didik terhadap isu- isu sosial yang aktual.