Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji proses internalisasi nilai-nilai Pendidikan Agama Islam (PAI) serta dampak internalisasi nilai-nilai tersebut melalui kegiatan Pagar Nusa di Pondok Pesantren Robitutul Islam Krejengan. Pagar Nusa sebagai organisasi pencak silat yang berafiliasi dengan Nahdlatul Ulama tidak hanya berfungsi sebagai wadah pelatihan fisik dan bela diri, tetapi juga sebagai media penanaman nilai-nilai keislaman, akhlak, kedisiplinan, serta karakter santri. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan jenis penelitian deskriptif. Teknik pengumpulan data dilakukan melalui observasi partisipatif, wawancara mendalam dengan pengasuh pesantren, pelatih Pagar Nusa, dan santri, serta dokumentasi kegiatan. Analisis data dilakukan dengan teknik reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan, serta diuji keabsahannya melalui triangulasi sumber dan teknik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa internalisasi nilai-nilai PAI dalam kegiatan Pagar Nusa dilakukan melalui beberapa tahapan, yaitu tahap transformasi nilai, transaksi nilai, dan transinternalisasi nilai. Nilai-nilai PAI yang terinternalisasi meliputi nilai aqidah, syariat, akhlak, disiplin dan tanggung jawab, ukhuwah islamiyah dan nasionalisme. Dampak dari internalisasi nilai-nilai tersebut terlihat pada terbentuknya karakter santri yang lebih religius, disiplin, bertanggung jawab, memiliki kepedulian sosial, berjiwa nasionalis, serta menunjukkan keseimbangan antara kekuatan fisik, mental, dan spiritual. Penelitian ini diharapkan dapat menjadi rujukan bagi lembaga pendidikan Islam dalam mengembangkan kegiatan ekstrakurikuler yang efektif dalam menanamkan nilai-nilai Pendidikan Agama Islam.