Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaruh partisipasi anggaran, sistem pengendalian internal, kompetensi sumber daya manusia (SDM), dan akuntabilitas terhadap kinerja keuangan, dengan tingkat desentralisasi sebagai variabel moderator. Studi ini dilatarbelakangi oleh fenomena tantangan finansial yang dihadapi Perguruan Tinggi Keagamaan Kristen (PTKK) di Indonesia, seperti ketergantungan pada dana eksternal, penurunan jumlah mahasiswa, dan tuntutan akuntabilitas ganda kepada negara serta yayasan/gereja.Menggunakan Teori Keagenan (Agency Theory) sebagai landasan teoretis, penelitian ini memposisikan mekanisme tata kelola sebagai alat untuk memitigasi konflik kepentingan dan asimetri informasi antara prinsipal dan agen. Hasil analisis menunjukkan bahwa partisipasi anggaran berpengaruh positif terhadap kinerja keuangan dengan meningkatkan keselarasan tujuan dan tanggung jawab manajerial. Sistem pengendalian internal berperan signifikan melalui pengawasan formal, perlindungan aset, dan keandalan pelaporan. Selain itu, kompetensi SDM dan akuntabilitas terbukti berkontribusi langsung pada efektivitas pengelolaan dana dan transparansi institusi. Tingkat desentralisasi berperan sebagai variabel moderator yang memperkuat hubungan faktor-faktor tersebut terhadap kinerja keuangan.Temuan ini memberikan implikasi praktis bagi pengelola PTKK untuk meningkatkan kapasitas SDM dan memperkuat sistem kontrol internal guna mencapai keberlanjutan operasional dan mutu pendidikan. Penelitian ini mengisi celah literatur mengenai tata kelola keuangan pada institusi pendidikan berbasis keagamaan yang memiliki karakteristik unik.