Transformasi teknologi dalam dunia pendidikan menuntut adaptasi melalui penguasaan keterampilan abad ke-21, di mana salah satu ciri utamanya ialah kemampuan berpikir kritis. Upaya peningkatan kualitas pembelajaran yang relevan dengan kebutuhan masa kini dapat dilakukan dengan pendekatan STEM (Science, Technology, Engineering, and Mathematics). Pendekatan ini dinilai efektif untuk mendorong keterlibatan aktif peserta didik dan mengasah keterampilan berpikir kritis secara terstruktur. Di antara berbagai disiplin ilmu, materi Biologi, khususnya topik Bioteknologi, sangat tepat diintegrasikan dengan model STEM karena memiliki keterkaitan dengan berbagai aspek teknologi dan rekayasa. Penelitian ini berfokus pada pengembangan E-book berbasis STEM pada materi Bioteknologi, yang dirancang untuk melatih kemampuan berpikir kritis siswa secara sistematis. Proses pengembangan dilakukan menggunakan model 4-D, yaitu melalui tahapan define, design, development, serta dissemination. Implementasi produk dilakukan pada siswa kelas XII MIPA di MA Unggulan Al-Falah, melibatkan 20 peserta didik sebagai subjek uji coba. Hasil evaluasi menunjukkan E-book yang dikembangkan memperoleh rata-rata skor validitas sebesar 95,69% yang masuk dalam kategori sangat valid. Aspek keterbacaan E-book berada pada level 12, sementara respon peserta didik terhadap penggunaan E-book menunjukkan tingkat penerimaan yang sangat positif, dengan rata-rata skor sebesar 96,31%. Berdasarkan temuan tersebut, dapat disimpulkan bahwa E-book berbasis STEM pada materi Bioteknologi layak digunakan sebagai media pembelajaran yang sangat valid dan praktis untuk mengembangkan keterampilan berpikir kritis peserta didik.