Implementasi Kurikulum 2013 dinilai kurang optimal, sehingga pemerintah mengambil langkah revisi dengan menghadirkan Kurikulum Merdeka. Kurikulum Merdeka dirancang untuk menjawab tantangan pendidikan, di mana peserta didik dituntut memiliki kemampuan berpikir kritis, menyelesaikan masalah dengan cara yang kreatif, inovatif, kolaboratif, serta komunikatif secara terampil. Namun, berdasarkan data statistik PISA, keterampilan berpikir kritis peserta didik masih menunjukkan tren yang rendah. Oleh karenanya, dibutuhkan inovasi dalam pengembangan bahan ajar serta model pembelajaran yang relevan. Dalam konteks ini, dilakukan penelitian dengan tujuan mengembangkan E-LKPD berbasis Project Based Learning (PjBL) yang mampu melatih keterampilan berpikir kritis secara valid, praktis, dan efektif. Keterbatasan fasilitas di SMAN 01 Sragi, khususnya jaringan internet yang kurang memadai, menggarisbawahi perlunya perhatian lebih dari pemerintah terhadap kondisi sarana teknologi di sekolah-sekolah daerah terpencil, mengingat banyak sekolah yang kurang didukung sarana pembelajaran yang memadai. Penelitian ini mengaplikasikan metode Project Based Learning melalui proyek inovasi produk makanan dan minuman bioteknologi yang bertujuan mengasah keterampilan berpikir kritis peserta didik. Metode penelitian menggunakan pendekatan pengembangan ADDIE, yang meliputi tahap analisis, perancangan, pengembangan, implementasi, dan evaluasi. Uji coba terbatas dilakukan pada 20 peserta didik kelas XII di SMA Negeri 01 Sragi, Pekalongan. Teknik pengumpulan data mencakup lembar validasi E-LKPD, lembar observasi pelaksanaan, respon peserta didik, analisis dokumen, serta tes awal dan tes akhir. Hasil penelitian menunjukkan validitas E-LKPD mencapai 97,33% dengan kategori sangat valid. Kepraktisan dinilai dari tiga aspek, yakni pelaksanaan E-LKPD mencapai 100% (sangat praktis), respon peserta sebesar 97,88% (sangat praktis), dan rata-rata nilai dokumen 93. Efektivitas E-LKPD dibuktikan dengan skor pre-test dan post-test yang mencapai ketuntasan 100%, serta nilai N-gain 0,79 yang menunjukkan kategori sangat efektif. Dengan demikian, E-LKPD berbasis Project Based Learning pada materi bioteknologi untuk melatih keterampilan berpikir kritis peserta didik kelas XII terbukti valid, praktis, dan efektif. Kata Kunci: E-LKPD, Project Based Learning, Bioteknologi, Berpikir Kritis, XII SMA.