Pengendalian internal sebagai sebuah proses sistematis memiliki peranan penting dalam terwujudnya visi misi tujuan dan sasaran organisasi. Pada proses penyusunan laporan keuangan diperlukan suatu pengendalian yang mampu memberikan keyakinan yang memadai untuk mewujudkan pengelolaan keuangan yang akuntabel atau yang disebut Pengendalian Intern atas Pelaporan Keuangan (PIPK) yang merupakan implikasi dari diterbitkannya PMK nomor 17/PMK.09/2019. Oleh karena itu, penerapan PIPK sangat penting untuk mewujudkan pengelolaan keuangan yang akuntabel karena hal ini mendukung juga kepada perwujudan Good University Governance (GUG). Perguuran Tinggi X sudah menerapkan PIPK dan pada tahun 2023 telah dinilai oleh Tim Penilai PIPK dari Kemendikbudristek. Dari hasil penilaian didapat masih banyak unsur-unsur pada PIPK Perguruan Tinggi X yang belum lengkap karena tidak didukung oleh bukti/evidence yang memadai. Namun secara keseluruhan tim penilai memberikan penilaian efektif dengan pengecualian, hal ini dikarenakan masih terdapat kelemahan material (material weakness) dan kelemahan signifikan (significant deficiency) yang ditemukan dalam pengendalian internal tingkat entitas (PITE) dan pengendalian umum teknologi informasi dan komunikasi (PUTIK). Berdasarkan hal tersebut maka tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis dan memperbaiki kelemahan-kelemahan penerapan PIPK di Perguruan Tinggi X sehingga penilaian PIPK akan mencapai efektif tanpa pengecualian dan diharapkan akan mendorong terwujudnya penerapan prinsip-prinsip GUG. Metode penelitian yang digunakan metode kualitatif eksploratif dengan teknik pengumpulan data melalui FGD, observasi, wawancara, benchmarking dan studi dokumentasi. Analisis data menggunakan aplikasi NVivo 12 Plus. Hasil penelitian menunjukkan bahwa antara PIPK dengan prinsip-prinsip yang terdapat dalam GUG memiiliki keterkaitan yang erat, karena satu sama lain saling melandasi terciptanya sistem pengendalian yang baik yang sesuai dengan prinsip-prinsip Good University Governance. Kata kunci: Pengendalian internal; PIPK; Good University Governance