Perkembangan lembaga negara independen pasca Reformasi menjadi salah satu isu penting dalam sistem ketatanegaraan Indonesia. Lembaga-lembaga tersebut dibentuk untuk memperkuat demokrasi, akuntabilitas publik, pengawasan, pelayanan publik, pemberantasan korupsi, penyelenggaraan pemilu, serta perlindungan hak-hak warga negara. Namun, perkembangan lembaga negara independen tidak selalu diikuti dengan desain kelembagaan yang jelas dan terintegrasi. Kondisi ini menimbulkan berbagai persoalan hukum, seperti ketidakjelasan kedudukan, tumpang tindih kewenangan, lemahnya mekanisme pertanggungjawaban, serta potensi intervensi dari cabang kekuasaan tertentu. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kedudukan lembaga negara independen dalam sistem ketatanegaraan Indonesia, menguraikan problematika hukum kelembagaan yang muncul dalam penataannya, serta merumuskan model penataan lembaga negara independen yang ideal. Penelitian ini menggunakan metode penelitian hukum normatif dengan pendekatan kualitatif deskriptif-analitis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penataan lembaga negara independen perlu diarahkan pada lima aspek utama, yaitu dasar hukum yang jelas, mandat yang spesifik dan tidak tumpang tindih, mekanisme rekrutmen dan pengawasan yang proporsional, kemandirian anggaran yang memadai, serta hubungan checks and balances yang terintegrasi dengan parlemen, lembaga yudisial, dan partisipasi publik. Dengan demikian, penataan lembaga negara independen tidak dimaksudkan untuk mengurangi independensinya, melainkan untuk memperkuat efektivitas, akuntabilitas, dan legitimasi konstitusionalnya. Kata Kunci: lembaga negara independen; penataan kelembagaan; sistem ketatanegaraan; akuntabilitas; checks and balances.