Sungai merupakan sumber daya air yang sangat penting bagi kehidupan manusia. Namun, pembuangan limbah cair ke sungai menyebabkan beban pencemar terutama materi organik di sungai terus meningkat. Berdasarkan perhitungan indeks pencemaran, diketahui bahwa seluruh sungai di DKI Jakarta masuk ke dalam kategori tercemar berat. Setelah dilakukan pembobotan, Sungai Ciliwung (segmen 5) dianggap memenuhi kriteria sungai yang akan menjadi objek penelitian. Kalibrasi model dilakukan dengan melakukan trial and error pada berbagai parameter kinetik model. Nilai RMSPE untuk kalibrasi model BOD yakni sebesar 2,45% dan untuk model DO sebesar 3,84%. Berdasarkan analisis sensitivitas yang telah dilakukan, parameter kinetik model yang paling memengaruhi hasil pemodelan untuk parameter BOD adalah slow CBOD hydrolysis rate dan detritus dissolution rate, sedangkan untuk parameter DO adalah fast CBOD oxidation rate. Hasil simulasi menunjukkan bahwa untuk parameter DO pada seluruh skenario, kualitas air hanya memenuhi baku mutu Kelas 4 sedangkan pada hulu memenuhi baku mutu Kelas 3. Sementara itu, untuk parameter BOD pada skenario 1, 3, dan 4, kualitas air hanya memenuhi baku mutu Kelas 4, sedangkan pada hulu memenuhi baku mutu Kelas 3. Khusus untuk skenario 2, kualitas air memenuhi baku mutu Kelas 3 di seluruh titik. Hasil perhitungan beban pencemaran BOD menunjukkan bahwa untuk seluruh skenario, beban pencemaran BOD aktual lebih tinggi dibandingkan dengan beban pencemaran BOD maksimum. Untuk dapat memenuhi jumlah yang diperbolehkan, beban pencemaran BOD perlu diturunkan sebesar 30%-70%. Berdasarkan simulasi kualitas air yang dilakukan pada skenario 3 dan 4, dapat disimpulkan bahwa beban pencemaran terutama dari sumber domestik memberikan pengaruh yang signifikan pada konsentrasi BOD dan DO di dalam air sehingga diperlukan pengelolaan air limbah domestik untuk dapat menurunkan beban pencemaran tersebut.