Transformasi digital dalam pelayanan kesehatan tingkat pertama mendorong pemanfaatan sistem e-Puskesmas untuk meningkatkan efisiensi, akurasi, dan transparansi data. Namun, implementasi sistem ini di Puskesmas Tuntungan Kota Medan masih menghadapi berbagai tantangan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pelaksanaan sistem e-Puskesmas berdasarkan komponen input, proses, dan output. Penelitian menggunakan pendekatan kualitatif dengan desain fenomenologi. Informan dipilih melalui teknik purposive sampling, yang terdiri dari Kepala Puskesmas, Admin e-Puskesmas, Koordinator SP2TP, Petugas Poli, Petugas Farmasi, dan Kepala Tata Usaha. Teknik pengumpulan data dilakukan melalui wawancara mendalam, observasi, serta telaah dokumen, dan dianalisis menggunakan content analysis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada komponen input terdapat keterbatasan sumber daya manusia (SDM), di mana belum tersedia petugas khusus yang mengelola e-Puskesmas. Selain itu, sebagian besar petugas mengalami beban kerja ganda dan kurang disiplin dalam melakukan input data. Pelatihan juga belum merata, serta sarana dan prasarana seperti komputer dan jaringan internet masih sering mengalami gangguan. Pendanaan bersumber dari dana kapitasi JKN melalui BPJS, dan standar operasional prosedur (SOP) telah tersedia dalam bentuk manual book dari Dinas Kesehatan dan Infokes. Pada komponen proses, alur pelaksanaan sistem e-Puskesmas telah mencakup seluruh layanan, namun masih ditemukan kendala seperti keterlambatan input data akibat gangguan jaringan dan error pada sistem. Sementara itu, pada komponen output, pelaporan belum sepenuhnya lengkap, akurat, dan tepat waktu, serta pemanfaatan data masih terbatas untuk keperluan evaluasi program. Oleh karena itu, diperlukan peningkatan infrastruktur, penguatan kapasitas SDM, serta evaluasi dan monitoring secara berkelanjutan guna mendukung optimalisasi sistem e-Puskesmas sebagai upaya peningkatan mutu pelayanan di Puskesmas.