Latar Belakang: Efisiensi pembiayaan layanan kesehatan primer merupakan aspek penting dalam memperkuat sistem Jaminan Kesehatan Nasional (JKN), karena Puskesmas sebagai fasilitas kesehatan tingkat pertama dituntut mengelola dana kapitasi secara rasional untuk mendukung program promotif, preventif, dan kuratif. Tujuan: Penelitian ini bertujuan menganalisis efisiensi biaya program Kesehatan Keluarga (Kesga) serta Pencegahan dan Pengendalian Penyakit (P2P) di Puskesmas Umbulharjo II berdasarkan pemanfaatan dana kapitasi JKN. Metode: Penelitian menggunakan desain evaluasi ekonomi deskriptif dengan pendekatan Cost-Effectiveness Ratio (CER) dan memanfaatkan data sekunder dari laporan keuangan serta capaian program tahun 2024. Nilai CER dihitung dengan membandingkan total biaya terhadap output program sebagai indikator efisiensi operasional berbasis produktivitas. Hasil: Total biaya pelaksanaan program mencapai Rp337.017.000 atau 72,4% dari dana operasional kapitasi. Program skrining HIV dan skrining PTM menunjukkan nilai CER terendah dan berada di bawah rata-rata kapitasi per peserta per bulan (Rp3.765), sedangkan program pengendalian vektor dan pemberian makanan tambahan (PMT) memiliki nilai CER tertinggi dan berada di atas Rp3.765, yang menunjukkan biaya per unit luaran relatif lebih besar. Secara fiskal, sebagian besar program tetap berada dalam batas pagu operasional kapitasi, terutama kegiatan promotif dan preventif yang proporsional terhadap kapasitas anggaran. Kesimpulan: Pemanfaatan dana kapitasi di Puskesmas Umbulharjo II relatif efisien secara fiskal dan operasional berdasarkan benchmark kapitasi lokal. Diperlukan penguatan manajemen pembiayaan, terutama untuk program dengan kebutuhan logistik tinggi agar tetap berada dalam batas efisiensi yang rasional.