Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan berpikir analitis calon pendidik IPA pada pembelajaran berbasis Socio-Scientific Issue, mengetahui faktor-faktor yang mempengaruhi kemampuan berpikir analitis calon pendidik IPA, dan mengetahui penerapan pembelajaran berbasis Socio-Scientific Issue dalam menunjang kemampuan berpikir analitis. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif deskriptif dengan pendekatan fenomenologi. Teknik pengambilan data melalui tes dan wawancara dengan sumber data yaitu dosen dan mahasiswa calon pendidik IPA UIN Kiai Ageng Muhammad Besari Ponorogo. Teknik analisis data dilakukan melalui empat tahap yaitu pengumpulan data, kondensasi data, penyajian data dan penarikan kesimpulan. Peneliti menggunakan software Nvivo 11 untuk membantu proses koding, visualisasi kategori permasalahan, dan pola jawaban terhadap data pada penelitian ini. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kemampuan berpikir analitis calon pendidik IPA berada pada kategori sedang dan berada pada kemampuan membedakan, yaitu kemampuan menentukan isu sosial terkait sains, mengidentifikasi dan menguraikan perbedaan konsep yang relevan, serta mengeksplorasi sumber informasi untuk menemukan permasalahan yang sesuai. Beberapa faktor yang mempengaruhi kemampuan berpikir analitis mereka seperti pemahaman awal, minat dan motivasi, kefokusan dan ketelitian, metode belajar, sumber referensi, dan lingkungan. Penerapan pembelajaran berbasis SSI dapat menunjang kemampuan berpikir analitis calon pendidik IPA melalui tahapannya mulai dari pemberian teori, mengidentifikasi masalah, menganalisis masalah, dan menyelesaikan masalah.