Molekular Docking Senyawa Zerumbone Sebagai Obat Anti-Bakteri Terhadap Protein TDP

Nur Uswatul Khairah (Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang, Jawa Timur, Indonesia)
Mohamad Amin (Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang, Jawa Timur, Indonesia)
Ismi Rakhmawati (Biology Education Program, Universitas Lampung, Indonesia)
Dina Maulina (Biology Education Program, Universitas Lampung, Indonesia)

Jurnal Bioterdidik: Wahana Ekspresi Ilmiah
Vol 7, No 6 (2019): Jurnal Bioterdidik

Zerumbone is an ingredient from Zingiber zerumbet which was found in previous studies to have activity as an anti-bacterial one. This docking molecular simulation uses the TDP test ligand as the target protein. The molecular purpose of this docking is to find out how the interactions between compounds and target proteins. All ligands obtained by using the softwind used are pubchem, pharmapper, swiss target prediction, superpred, uniprot, discovery, pyMOL and pyRx. The results obtained are the distance of interactions between protein ligands in 2D structures and 3D structures for interactions between protein ligands. Zerumbone  merupakan  suatu  kandungan  dari  Zingiber  zerumbet  yang ditemukan  pada penelitian sebelumnya memiliki aktivitas sebagai salah satu anti-bakteri. Simulasi molekular docking ini menggunakan ligan uji TDP sebagai protein target. Tujuan molekular docking ini adalah untuk mengetahui bagaimana interaksi antara senyawa dan protein targetnya. Semua ligan didapat dengan menggunakan softwer yang digunakan adalah pubchem, pharmapper, swiss target prediction, superpred, uniprot, discovery, pyMOL dan pyRx. Hasil yang diperoleh adalah jarak interaksi antara ligan-protein dalam struktur 2D dan struktur 3D untuk interaksi antara ligan-protein. Kata kunci: anti bakteri, docking, protein TDP, Zerumbone