IDENTIFIKASI SENYAWA PADA BATANG KROKOT (Portulaca oleracea L.) DAN POTENSINYA SEBAGAI AKTIVATOR SUPEROKSIDA DISMUTASE IN SILICO

Cika Hilda Fransiski (Departemen Biokimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor)
Djarot Sasongko Hami Seno (Departemen Biokimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor)
Mega Safithri (Departemen Biokimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor)

Jurnal Farmamedika (Pharmamedica Journal)
Vol 8 No 1 (2023): Jurnal Farmamedika (Pharmamedica Journal)

Superoksida dismutase (SOD) merupakan enzim yang berfungsi sebagai antioksidan dalam tubuh. Antioksidan dapat menangkal radikal bebas yang ada dalam tubuh. Krokot merupakan bahan alternatif yang telah terbukti memiliki sifat antioksidan, namun belum diketahui apakah batang krokot dapat meningkatkan aktivitas SOD dan jenis senyawa yang berperan dalam meningkatkan aktivitas tersebut. Penelitian ini bertujuan mengetahui potensi batang krokot terhadap aktivitas SOD dan jenis senyawa pada batang krokot yang berperan dalam meningkatkan aktivitas tersebut melalui penambatan molekuler terhadap reseptor SOD PDB ID 1CB4. Penelitian ini dilakukan dengan mengidentifikasi senyawa pada batang krokot menggunakan LC-MS/MS QTOF, kemudian memprediksi bioavailabilitas dan toksisitasnya, dan dilanjutkan dengan penambatan molekuler. Hasil penambatan molekuler diidentifikasi melalui parameter energi bebas Gibbs (∆G), konstanta disosiasi (Kd), dan residu yang berikatan antara reseptor dengan ligan. Xanthosine memiliki potensi terbaik dalam meningkatkan aktivitas SOD dengan nilai (∆G) sebesar -7.00 kkal/mol dan Kd sebesar 7.37 µM. Selain itu, hasil identifikasi residu yang berikatan antara reseptor dengan ligan menunjukkan bahwa xanthosine terikat pada situs aktivator alosterik enzim. Simpulan penelitian ini adalah batang krokot dapat menjadi aktivator superoksida dismutase secara in silico.