Penggunaan Mikrosatelit dan RAPD untuk Analisis Keragaman Genetik Kentang di Sentra Budidaya Kentang Jawa Tengah

Sapto Nugroho Hadi (Universitas Jenderal Soedirman)

Agrotekma: Jurnal Agroteknologi dan Ilmu Pertanian
Vol. 6 No. 2 (2022): Agrotekma: Jurnal Agroteknologi dan Ilmu Pertanian, Juni

Sejumlah klon kentang dibudidayakan di sentra budidaya kentang, Dataran Tinggi Dieng, Provinsi Jawa Tengah. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui (1) Nilai Persentase Lokus Polimorfisme (PLP), (2) Nilai Polymorphism Information Content (PIC), dan (3) Jarak genetik aksesi kentang berbasis penanda molekuler mikrosatelit dan Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). DNA genom diisolasi dari daun delapan klon kentang berbeda, kemudian diamplifikasi dengan primer oligonukleotida mikrosatelit (STM 3015, RGH 8, RGH POT 83/8, RGH STIO53) dan RAPD (OPP13, OPNO2). Pola pita DNA diberi skor dengan memberikan angka 1 untuk kemunculan dan 0 untuk ketidakhadiran. Hasil skoring digunakan untuk menyusun pohon filogenetik berdasarkan metode unweighted pair-group method with arithmetic (UPGMA). Hasil penelitian menunjukkan rata-rata PLP 93% dan nilai PIC untuk primer RGH SSR8, StI053, dan OPN02 bersifat informatif. Konstruksi pohon filogenetik menunjukkan dua kelompok utama dalam jarak genetik. Dua cluster utama dikelompokkan menjadi dua subkluster. Subkluster pertama terdiri atas Lapan, Kentang Ungu, Granola Lembang, dan Kentang Merah. Subkluster kedua terdiri atas NH1, MZ, Agria, dan Vega.