PERBANDINGAN METODE EKSTRAKSI RIBO NUCLEIC ACID YANG BERBEDA PADA JARINGAN MANTEL KERANG BIRU (Mytilus edulis)

Anna Rejeki Simbolon (Research Center for Oceanography, National Research and Innovation Agency)

Jurnal Riset Akuakultur
Vol 18, No 2 (2023): (Juni, 2023)

Kerang biru (Mytilus edulis) merupakan salah satu sentinel spesies yang dapat bertahan hidup di berbagai kondisi lingkungan, bahkan di daerah dengan tekanan tinggi, namun kemampuan fisiologisnya masih belum  banyak diketahui hingga saat ini. Regulasi fisiologis hewan dapat diketahui dengan mengetahui karakteristik genotip hewan melalui analisis genomik. Salah satu tahap yang diperlukan dalam analisis genomik adalah ekstraksi RNA. Perolehan kualitas dan kuantitas RNA yang baik merupakan langkah awal yang penting untuk analisis genomik selanjutnya. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan metode ekstraksi RNA yang berbeda pada jaringan mantel kerang biru agar dapat dihasilkan kualitas dan kuantitas RNA yang baik untuk analisis genomik. Dua metode ektraksi RNA yaitu menggunakan RNAqueous Phenol-free total RNA Isolation dan TRIzolTM. Reagent. Data berupa hasil deskriptif dan kuantitatif, RNA yang telah berhasil diekstraksi dinilai kualitas dan kuantitasnya dengan menggunakan alat Agilent 5300 Fragment Analyzer. Penggunaan RNAqueous Phenol-free total RNA Isolation dalam mengekstraksi jaringan mantel kerang biru tidak dapat dilakukan dengan baik. Penggunaan metode ekstraksi RNA dengan Kit TRIzolTM Reagent menghasilkan ekstrak RNA jaringan mantel kerang biru dengan nilai konsentrasi total RNA berkisar 48,91-392,38 ng mL-1, nilai RNA Quality Number (RQN) berkisar 7,6-9,6 dan rasio 28S:18S berkisar 0-3,5. Metode TRIzolTM Reagent kit memiliki efektifitas lebih baik dalam menghasilkan ekstrak RNA pada jaringan mantel kerang biru dengan kualitas dan kuantitas RNA yang baik.The blue mussel (Mytilus edulis) is a sentinel species that can survive in various environmental conditions, even in high pressure areas, but its physiological abilities has not been widely known. Marine physiological regulation can be known by knowing the characteristics of the biota genotype through genomic analysis. One of the steps required in genomic analysis is RNA extraction. Obtaining good quality and quantity of RNA is an important first step for further genomic analysis. This study aimed to compare different RNA extraction methods in blue mussel mantle tissue, so that it is expected to produce good RNA for genomic analysis. Two RNA extraction methods used were RNAqueous Phenol-free total RNA Isolation and TRIzolTM. Reagents. The data were in the form of descriptive and quantitative results, the quality and quantity of RNA that has been successfully extracted is assessed using the Agilent 5300 Fragment Analyzer. The use of RNAqueous Phenol-free total RNA Isolation in extracting mantle tissue of blue mussel cannot be carried out well. The use of the RNA extraction method with the TRIzolTM Reagent Kit produced RNA extract of blue mussel mantle tissue with total RNA concentration values ranging from 48,91-392,38 ng mL-1, RNA quality number (RQN) ranging from 7.6-9.6 and ratio of 28S:18S ranging from 0-3.5. The TRIzolTM Reagent kit method had better effectiveness in producing RNA extract from blue mussel mantle tissue with good quality and quantity of RNA.