Manajemen Pondok Pesantren dengan keanekaragamannya termasuk lembaga atau organisasi pendidikan yang unik. Antara lain karena di pondok pesantren terdapat figur kyai yang memiliki peranan dan kewenangan yang luar biasa, hingga dalam perspektif ilmu manajemen seringkali terjadi kontradiktif atau tidak sesuai dengan kode etiknya. Misal, terkait denganĀ pelimpahan tugas dan wewenang, jenjang kekuasaan, masalah intervensi, dan lain-lain. Meski demikian, terdapat pula pondok-pondok pesantren yang menerapkan manajemen modern dengan bagus. Pondok Modern Gontor Ponorogo dan Az-Zaitun, kiranya dapat dimasukkan dalam kategori ini. Dengan penerapan tata kelola modern sesuai dengan ilmunya, ternyata dua pondok pesantren itu telah mengalami kemajuan yang sangat pesat (lepas dari sikap setuju atau tidak terhadap isi pendidikan masing-masing). Tetapi tidak dapat diingkari, kebanyakan pondok pesantren di negeri ini belum menerapkan manajemen modern sesuai dengan ilmunya yang lazim.
Copyrights © 2016