cover
Article Per Year (5 Year)
All
Home Page
OAI Link
Editorial Team
Contact
Reviewer
Google Scholar
Contact Name
-
Contact Email
-
Phone
-
Journal Mail Official
-
Editorial Address
-
Location
Kota adm. jakarta selatan,
Dki jakarta
INDONESIA
Jurnal AgroBiogen
Published by Kementerian Pertanian
ISSN : 19071094     EISSN : 25491547     DOI : -
Core Subject : Agriculture,
Agriculture, Biological Sciences & Forestry
Jurnal AgroBiogen memuat artikel primer dan sekunder hasil penelitian bioteknologi dan sumberdaya genetik tanaman, serangga, dan mikroba pertanian. Jurnal ini diterbitkan tiga kali setahun pada bulan April, Agustus dan Oktober oleh Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian
Arjuna Subject : -
Articles 9 Documents
 1 
Search results for , issue "Vol 12, No 2 (2016): Desember" : 9 Documents clear
Keragaman Jumlah Salinan Transgen Galur T0 Padi Kultivar Nipponbare Berdasarkan Analisis qPCR dengan Penanda Gen hptII Aqwin Polosoro; Wening Enggarini
Jurnal AgroBiogen Vol 12, No 2 (2016): Desember
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v12n2.2016.p73-80

Abstract

Keragaman Jumlah Salinan Transgen CsNitr1-L pada Galur Transforman T0 Padi Kultivar Nipponbare. Perakitan tanaman transgenik dengan menggunakan bantuan Agrobacterium tumefaciens menghasilkan penyisipan transgen yang berbeda, baik dalam jumlah salinan maupun letak transgen dalam genom tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keberadaan kimera dan jumlah salinan pada tiap anakan dalam satu rumpun dan beberapa rumpun padi Nipponbare transforman T0 yang berasal dari kalus yang sama. Gen CsNitr1-L pada plasmid biner pCAMBIA1300 ditranformasikan ke dalam genom tanaman padi kultivar Nipponbare dengan menggunakan A. tumefaciens strain LBA 4404. Analisis molekuler dilakukan terhadap tiga anakan dari masing-masing empat rumpun tanaman Nipponbare transgenik generasi T0 (event 1, 2, 3, dan 4) dan empat kelompok rumpun tanaman T0 yang berasal dari kalus yang sama. Dari masing-masing kelompok tersebut diambil 3 rumpun T0. Hasil analisis qPCR menunjukkan bahwa anakan-anakan yang berasal dari satu rumpun tanaman T0 memiliki jumlah salinan transgen yang seragam. Selain itu, hasil analisis qPCR juga mengungkap bahwa tidak semua tanaman yang berasal dari kalus yang sama memiliki jumlah salinan transgen yang seragam. Implikasi dari hasil ini bahwa setiap rumpun padi T0 yang tumbuh dari kalus hasil transformasi perlu dipisah saat aklimatisasi supaya benih T1 yang dihasilkan seragam.  
Multiplikasi Tunas dan Konservasi In Vitro Tanaman Belitung (Xanthosoma sagittifolium (L.) Schott) dengan Metode Pertumbuhan Minimal Muhamad Sabda; Nurwita Dewi
Jurnal AgroBiogen Vol 12, No 2 (2016): Desember
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v12n2.2016.p101-108

Abstract

In Vitro Shoot Multiplication and Conservation of Belitung (Xanthosoma sagittifolium (L.) Schott) using Minimal Growth Conservation Method. Muhammad Sabda and Nurwita Dewi. Belitung is one of potential food crops which has a lot of benefit. Belitung germplasm collection was conserved in the field which is vurnerable to biotic and abiotic stress.  The purpose of this research was to study the effect of  BAP on in-vitro shoot multiplication of belitung, and to study influences of osmoticum (mannitol) and retardan (paclobutrazol) to the growth of belitung culture. Experimental design used in this research was randomized completely design  with three  replications.  Shoot from sucker were used as explant. In study of shoot multiplication, the treatment medium was MS +  BAP (0, 1, 2, 3 mg/l). In study of conservation, the treatment medium was MS + 30 g/l sucrose, ½ MS + 30 g/l sucrose, MS + 15 g/l sucrose, MS + Mannitol (20,  40 and 60 g/l) and MS + Paclobutrazol (1, 2 and 3 mg/ l). The result showed that the addition of Benzyl Amino Purine (BAP) into MS medium increased number of shoot of belitung.  The best medium for micropropagation of belitung germplasm was MS + BAP 3 mg/l. The highest number of shoot (7.6 shoots) was produced by MS +  BAP 3 mg/l medium.  MS + mannitol (20 and 40 g/l) and MS + paclobutrazol (1, 2, and 3 mg/l) medium could reduce the  plant growth. MS + Paclobutrazol 2 mg/l was the best medium for belitung conservation. This media could reduce plant growth during eight months conservation period and prolong subculture interval.
Eksplorasi Lokus Pup1 pada 55 Genotipe Padi Berdasarkan Analisis Marka Molekuler dan Sekuensing Tasliah Tasliah; Ma'sumah Ma'sumah; Joko Prasetiyono
Jurnal AgroBiogen Vol 12, No 2 (2016): Desember
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v12n2.2016.p63-72

Abstract

Fosfor (P) merupakan unsur penting pada padi yang ketersediaannya di bumi semakin berkurang. Eksplorasi lokus yangberperan dalam penangkapan P (Pup1) pada plasma nutfah padi bermanfaat untuk mendapatkan calon tetua yang toleranterhadap defisiensi P. Penelitian ini bertujuan mengeksplorasi lokus Pup1 pada 55 genotipe padi guna mendapatkan genotipeyang memiliki alel Kasalath dari empat marka spesifik gen-gen di dalam lokus Pup1 dan memiliki kesamaan sekuen yangtinggi dengan sekuen rujukan lokus Pup1. Hasil amplifikasi DNA genomik dari tiga genotipe padi cek, yaitu Kasalath, NIL-C443,dan Nipponbare; 36 padi gogo, 15 padi sawah, dan 1 padi amfibi, menggunakan empat marka spesifik yang berada di dalamlokus Pup1, yaitu K05−1, K20−2 + Bsp12861, K29−1, dan K46−2, menunjukkan bahwa persentase padi gogo yang memilikilokus Pup1 hampir sama dengan padi sawah, berturut-turut 49% dan 47,3%. Tiga genotipe, yaitu Gajah Mungkur, Cabacu, danIR36, memiliki alel Kasalath pada keempat marka yang menunjukkan bahwa genotipe tersebut memiliki lokus Pup1. Kasalath,NIL-C443, Gajah Mungkur, Cabacu, dan IR36 memiliki kesamaan sekuen basa yang bervariasi pada daerah marka K20−2 +Bsp12681 dan K46−2, berturut-turut 54,7−95,2% dan 94,6−97,5%, dibanding dengan sekuen rujukan Pup1. Gajah Mungkur,Cabacu, dan IR36 pada daerah tersebut memiliki kesamaan sekuen basa yang tinggi dibanding dengan sekuen rujukan Pup1(berturut-turut 87,3−92,4% dan 94,6−96%) sehingga ketiga genotipe memiliki potensi sebagai sumber lokus Pup1 yang barumenggantikan Kasalath.
Gene Duplication to Reveal Adaptation Clue of Plant to Environmental Stress: A Case Study of NBS-LRR Genes in Soybean Puji Lestari; Suk-Ha Lee; I Made Tasma; Asadi Asadi
Jurnal AgroBiogen Vol 12, No 2 (2016): Desember
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v12n2.2016.p119-130

Abstract

Gene duplication to reveal adaptation clue of plant to environmental stress: A case study of NBS-LRR genes in soybean. Puji Lestari, Suk-Ha Lee, I Made Tasma, and Asadi. Adaptive strategies of plant to stress are fine-tuned by adjusting several activities including molecular mechanism which involve duplicated genes responsive to environmental changes. Genes responsive to the environmental stresses which are retained after small scale duplication are part of plant genome duplication. However, less information of duplicated genes could be adaptive to environmental changes in plant. This review presents an overview of duplication events in plant genomes which impact to gene duplication in relation to environmental changes, gene duplication as an adaptation mechanism, a case of duplicated nucleotide binding site-leucine-rich repeat (NBS-LRR) genes in soybean, and the gene duplication implementation for plant breeding in Indonesia. Notably, genome duplication events generate gene duplication and contribute to adaptive evolution against environmental changes. Generalization of plants to adapt the stressful conditions also probably improves our understanding of gene duplication as a mechanism of adaptation. Several recently duplicated NBS-LRR genes in soybean retain disease resistance QTL and the differential expression convince their contribution to biotic stress resistance in soybean. Proposed models of NBS-LRR genes duplication process may help to understand these genes response to the environmental changes. The duplication of genes resistant to pest/disease particularly NBS-LRR provides important information to select breeding parents and develop molecular markers related to desease resistance to genetically improve soybean in Indonesia. Overall, it may therefore be possible to enhance breeding which targets on genes tolerance/resistance to abiotic/biotic stress, and provide a molecular basis for crop-stress protection strategy and more improved soybean varieties specified for harsh environment.
Keragaman Jeruk Fungsional Indonesia Berdasarkan Karakter Morfologis dan Marka RAPD Farida Yulianti; Norry E. Palupi; Dita Agisimanto
Jurnal AgroBiogen Vol 12, No 2 (2016): Desember
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v12n2.2016.p91-100

Abstract

Identifikasi variabilitas genetik tanaman jeruk diperlukan dalam pengelolaan sumber daya genetik dan proses seleksi dalamprogram pemuliaan. Tujuan penelitian adalah mempelajari keragaman lima belas aksesi jeruk fungsional Indonesiaberdasarkan karakter morfologis dan marka molekuler. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan Tanaman, BalaiPenelitian Tanaman Jeruk dan Buah Subtropika, Malang, Jawa Timur. Keragaman morfologis didasarkan pada hasilpengamatan morfologi, sedangkan keragaman molekuler didasarkan pada hasil amplifikasi marka RAPD. Keragamanmorfologis dan molekuler dianalisis menggunakan program DARWin5. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keragamanmorfologis jeruk fungsional Indonesia lebih tinggi dibanding dengan keragaman molekulernya. Keragaman tertinggiberdasarkan karakter morfologis terjadi antara Citrumelo dan Carrizo Citrange dengan Lemon seedless (79%), sedangkankeragaman tertinggi berdasarkan marka RAPD terjadi antara Lemo Swangi dan Lemon seedless (49%). Pita DNA spesifikditemukan oleh marka OPH15(235,280) pada aksesi Jari Budha, Etrog Citron, dan Lemon seedless, marka OPD07(400) danOPC17(416) pada aksesi dengan daun tipe trifoliata (Troyer Citrange, Citrumelo, dan Carrizo Citrange) dan OPH04(583) danOPD07(330) pada aksesi Keprok Tening.
Front Matter JA Vol 12 No 2 Jurnal Agrobiogen
Jurnal AgroBiogen Vol 12, No 2 (2016): Desember
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v12n2.2016.p%p

Abstract

Organogenesis dan Krioterapi Tebu untuk Mengeliminasi Sugarcane Streak Mosaic Virus Ika Roostika; Sedyo Hartono; Deden Sukmadjaja
Jurnal AgroBiogen Vol 12, No 2 (2016): Desember
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v12n2.2016.p109-118

Abstract

Penggunaan bibit bebas virus menjadi salah satu cara pengendalian penyakit virus yang efektif. Beberapa macam teknikkultur jaringan dilaporkan mampu mengeliminasi virus di dalam jaringan tanaman. Tujuan penelitian adalah mengetahuirespons tiga varietas tebu terhadap teknik organogenesis dan krioterapi serta untuk mengetahui kemampuan kedua tekniktersebut dalam mengeliminasi Sugarcane streak mosaic virus (SCSMV). Bahan tanaman yang digunakan adalah varietas tebuPS862 asal Cirebon, PS881 asal Jember, dan PSJK922 asal Malang yang terinfeksi SCSMV. Induksi kalus dilakukan denganmenggunakan media MS yang ditambah dengan 2,4-D 3 mg/l dan kasein hidrolisat 3 g/l. Terdapat tiga macam perlakuansubkultur (SK0, SK1, dan SK2). Regenerasi tunas dilakukan pada media MS dengan penambahan BA 0,3 mg/l, IBA 0,5 mg/l,dan PVP 100 mg/l. Teknik krioterapi yang diterapkan adalah vitrifikasi dengan tahapan prakultur menggunakan sukrosa 0,3 Mselama 3 hari, loading dengan larutan LS selama 10 menit, dehidrasi dengan larutan PVS2 selama 40 menit, krioterapi dengannitrogen cair selama 1 jam, deloading dengan larutan RS selama 30 menit, pemulihan, dan regenerasi. Indeksing virusdilakukan secara RT-PCR menggunakan primer spesifik SCSMV. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ketiga varietas mampumembentuk kalus dan tunas, baik tanpa atau melalui proses subkultur. Di antara tiga varietas yang diuji, hanya PS862 asalCirebon yang mampu bertahan hidup pasca-perlakuan krioterapi. Teknik organogenesis hingga dua kali subkultur tidakmampu mengeliminasi SCSMV, walaupun telah dilakukan subkultur hingga dua kali. Teknik krioterapi dapat mengeliminasiSCSMV dengan proporsi sebesar satu pertiga (33,3%).
Back Matter JA Vol 12 No 2 Jurnal Agrobiogen
Jurnal AgroBiogen Vol 12, No 2 (2016): Desember
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v12n2.2016.p%p

Abstract

Kekerabatan Beberapa Aksesi Padi Lokal Tahan Hama Penyakit Berdasarkan Analisis Polimorfisme Marka SSR Wage R. Rohaeni; Untung Susanto; Nani Yunani; N. Usyati
Jurnal AgroBiogen Vol 12, No 2 (2016): Desember
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v12n2.2016.p81-90

Abstract

Kegiatan karakterisasi secara genotipik merupakan salah satu sub kegiatan penting dalam pengelolaan plasma nutfah. Filogeni atau pohon kekerabatan berdasarkan data genotipik lebih mampu memperlihatkan berapa jarak genetik antar plasma nutfah. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui Filogeni dan jarak genetik antar plasma nutfah padi lokal unggul koleksi Balai Besar Penelitian Tanaman Padi.  Penelitian dilakukan pada bulan April – Desember 2015 di Laboratorium DNA Balai Besar Penelitian Tanaman Padi. Materi genetik yang digunakan adalah 15 padi lokal unggul dan varietas Ciherang yang merupakan varietas popular dilibatkan dalam penelitian sebagai kontrol. Analisa molekuler yang digunakan adalah analisa mikrosatelit SSR (simple sequence repeat) dengan jumlah marka SSR sebanyak 18. Hasil penelitian menunjukkan terbentuk 3 kelompok/cluster besar pada pylogeni yang terbentuk. Cluster 1 terdiri dari genotype: Gadis Langsat, Kebo, Bandang sigadis, Ciherang, Jawa sleman, Marahmay, Takong, Ampek panjang, Benoraja, dan Siawak. Cluster 2 terdiri dari: Ase balucung, Ase bukne, Jadul, Pare lotong, dan Pare pulu. Cluster 3 terdiri dari varietas lokal Kapas. Jarak genetik paling jauh dimiliki antara Pare pulu dan Ampek panjang dengan koefisien jarak genetik 2.054. kekerabatan paling dekat dimiliki antara Siawak dan Padi kuning dengan jarak genetik 0.089.

Page 1 of 1 | Total Record : 9

 1 

Filter by Year

2016 2016


Reset
Filter By Issues
All Issue Vol 17, No 2 (2021): DESEMBER Vol 17, No 1 (2021): JUNE Vol 16, No 2 (2020): December Vol 16, No 1 (2020): June Vol 15, No 2 (2019): December Vol 15, No 1 (2019): June Vol 14, No 2 (2018): December Vol 14, No 1 (2018): June Vol 14, No 1 (2018): June Vol 13, No 2 (2017): Desember Vol 13, No 1 (2017): Juni Vol 12, No 2 (2016): Desember Vol 12, No 1 (2016): Juni Vol 11, No 3 (2015): Desember Vol 11, No 2 (2015): Agustus Vol 11, No 1 (2015): April Vol 10, No 3 (2014): Desember Vol 10, No 2 (2014): Agustus Vol 10, No 1 (2014): April Vol 9, No 3 (2013): Desember Vol 9, No 2 (2013): Agustus Vol 9, No 1 (2013): April Vol 8, No 3 (2012): Desember Vol 8, No 2 (2012): Agustus Vol 8, No 1 (2012): April Vol 8, No 1 (2012): April Vol 7, No 2 (2011): Oktober Vol 7, No 1 (2011): Jurnal AgroBiogen Vol 7, No 1 (2011): April Vol 6, No 2 (2010): Oktober Vol 6, No 1 (2010): April Vol 5, No 2 (2009): Oktober Vol 5, No 1 (2009): April Vol 4, No 2 (2008): Oktober Vol 4, No 1 (2008): April Vol 3, No 2 (2007): Oktober Vol 3, No 1 (2007): April Vol 2, No 2 (2006): Oktober Vol 2, No 1 (2006): April Vol 1, No 2 (2005): Oktober Vol 1, No 1 (2005): April More Issue