Al-Qur’an mengandung ayat-ayat kauniyah yang merefleksikan fenomena alam sebagai tanda kebesaran Tuhan sekaligus membuka ruang dialog dengan ilmu pengetahuan. Salah satu pendekatan yang berkembang dalam memahami ayat-ayat tersebut adalah tafsir ilmi, yaitu penafsiran Al-Qur’an dengan memanfaatkan temuan dan teori ilmiah sebagai instrumen analisis. Artikel ini bertujuan untuk mengkaji secara metodologis pendekatan tafsir ilmi terhadap isyarat sains dalam ayat-ayat kauniyah Al-Qur’an, serta menilai relevansi dan batasan-batasannya dalam studi Al-Qur’an dan ilmu pengetahuan. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif dengan pendekatan studi kepustakaan (library research), melalui analisis deskriptif-kritis terhadap literatur tafsir klasik dan kontemporer, serta karya-karya yang membahas integrasi sains dan agama. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tafsir ilmi berperan sebagai jembatan epistemologis antara wahyu dan sains, sehingga mampu memperkaya pemahaman terhadap ayat-ayat kauniyah secara kontekstual dan rasional. Namun, pendekatan ini juga menghadapi tantangan metodologis, seperti potensi bias saintifik, reduksi makna tekstual, serta ketergantungan pada teori ilmiah yang bersifat dinamis. Oleh karena itu, diperlukan kerangka metodologis yang komprehensif dengan mengedepankan prinsip kehati-hatian, integrasi, dan keseimbangan antara kaidah tafsir dan validitas ilmiah. Dengan demikian, tafsir ilmi dapat dikembangkan sebagai pendekatan yang tidak hanya memperkuat keimanan, tetapi juga mendorong kemajuan keilmuan yang harmonis antara wahyu dan sains di era modern.