Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis peran pengasuh pesantren dan yayasan dalam manajemen Pendidikan Agama Islam berbasis integrasi ilmu serta mendeskripsikan implementasi manajemen pendidikan integratif dalam pengembangan kompetensi santri di Pondok Pesantren Mansyaul Ulum. Penelitian menggunakan pendekatan kualitatif dengan jenis penelitian lapangan. Pengumpulan data dilakukan melalui wawancara, observasi, dan dokumentasi dengan melibatkan pengasuh pesantren, pihak yayasan, kepala madrasah formal, guru, ustaz, dan santri sebagai informan penelitian. Analisis data dilakukan melalui proses reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan berdasarkan teori manajemen George R. Terry dan konsep integrasi ilmu M. Amin Abdullah. Hasil penelitian menunjukkan bahwa manajemen pendidikan integratif dilaksanakan melalui kolaborasi antara pengasuh pesantren dan yayasan dalam proses perencanaan, pengorganisasian, pelaksanaan, dan pengawasan pendidikan formal maupun kepesantrenan. Sistem pendidikan tersebut diwujudkan melalui sinkronisasi jadwal pembelajaran, koordinasi kelembagaan, evaluasi pendidikan secara berkala, serta pembinaan karakter dan kompetensi akademik santri secara beriringan. Implementasi manajemen integratif berdampak pada meningkatnya kedisiplinan, kompetensi diniyah, prestasi santri, serta peningkatan jumlah santri dari tahun ke tahun.