El Niño–Southern Oscillation secara dominan mengendalikan variabilitas struktur termohalin Samudra Pasifik yang berdampak pada cuaca ekstrem dan ekosistem laut. Studi ini memanfaatkan data Marine Copernicus Global Ocean Physics Reanalysis periode 1993–2021. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi variabilitas termal laut dan mengkaji respons terhadap kedalaman termoklin, suhu, dan salinitas dari kejadian ENSO. Kajian ini menerapkan pendekatan kuantitatif dengan menggunakan algoritma pemrograman berbasis komputasi numerik. Area studi berfokus pada Samudra Pasifik ekuatorial yang merupakan pusat wilayah terjadinya ENSO. Hasil studi menunjukkan bahwa di Pasifik ekuator selama fase La Niña (2011), terjadi pendinginan dengan kedalaman termoklin berdasarkan isoterm 20°C mengalami pendangkalan mencapai 102,83 m yang menunjukkan kemiringan termoklin curam karena pengaruh dari upwelling dan penguatan angin pasat. Sebaliknya, selama fase El Niño (2015), terjadi pemanasan dan kedalaman termoklin mengalami pendalaman mencapai 110 m yang disebabkan oleh angin pasat melemah, gelombang Kelvin downwelling, dan umpan balik positif Bjerknes. Variabilitas salinitas di Pasifik timur ketika La Niña menyebabkan penurunan salinitas permukaan yang tidak terlalu signifikan dari klimatologis (34,94 PSU) menjadi 34,89 PSU akibat transportasi massa air, sedangkan ketika El Niño terjadi penurunan salinitas permukaan yang signifikan dari klimatologis (34,94 PSU) menjadi 34,83 PSU akibat peningkatan presipitasi. Hasil ini menunjukkan sistem fisik utama terjadinya redistribusi massa air selama ENSO yang krusial untuk kajian iklim dan produktivitas biologi.