Kajian ini bertujuan untuk: (1) mendeskripsikan karakteristik Generasi Z dan Generasi Alpha sebagai peserta didik; (2) menganalisis tantangan yang dihadapi lembaga pendidikan Islam dalam mengelola kedua generasi tersebut; serta (3) merumuskan strategi manajemen kesiswaan yang responsif dan tetap berpijak pada nilai-nilai Islam. Penelitian menggunakan pendekatan kualitatif deskriptif-analitis dengan metode studi kepustakaan (library research). Sumber data meliputi buku ilmiah, artikel jurnal, dokumen kebijakan, dan data statistik yang diprioritaskan dalam rentang sepuluh tahun terakhir. Analisis dilakukan melalui teknik analisis isi dan analisis kritis. Hasil kajian menunjukkan bahwa Generasi Z dan Alpha merupakan generasi natif digital yang memiliki kemampuan multitasking tinggi, berorientasi pada relevansi dan makna, kreatif secara ekspresif, namun rentan terhadap gangguan kesehatan mental. Lembaga pendidikan Islam menghadapi tantangan berlapis berupa kesenjangan generasional antara pendidik dan peserta didik, kurikulum yang belum sepenuhnya responsif digital, krisis identitas spiritual, serta pergeseran konsep disiplin. Untuk menjawab tantangan tersebut, strategi manajemen kesiswaan yang direkomendasikan mencakup perencanaan berbasis data generasional, transformasi digital penerimaan peserta didik baru, pembinaan berbasis kecerdasan majemuk, penguatan bimbingan konseling Islami, integrasi teknologi pembelajaran, dan penguatan budaya sekolah Islami yang autentik, semuanya dilandasi kerangka maqashid syariah. Kajian ini menawarkan kebaruan berupa sintesis antara teori manajemen modern dan nilai-nilai Islam sebagai model manajemen kesiswaan yang holistik, adaptif, dan beridentitas.