Intoleransi intraagama di masyarakat Dusun Genengan, Desa Banjaragung, muncul akibat perbedaan pemahaman dan praktik keagamaan antara kelompok Nahdlatul Ulama (NU), Muhammadiyah, dan LDII. Maka penelitian ini bertujuan untuk menganalisis peran Tokoh Masyarakat dan Tokoh Agama, serta mengidentifikasi faktor pendukung dan penghambat dalam integrasi toleransi intraagama. Teori yang digunakan adalah struktural fungsional AGIL oleh Talcott Parsons. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan metode studi kasus. Data dikumpulkan melalui observasi dan wawancara. Purposive sampling digunakan untuk memperoleh data wawancara yang melibatkan Tokoh Masyarakat dan Tokoh Agama. Analisis data pada penelitian ini menggunakan model Miles dan Huberman serta keabsahan data menggunakan triangulasi sumber. Diperoleh hasil peran Kepala Desa diantaranya sebagai fasilitator, mediator, perantara, serta merancang program adaptif dan upaya yang dilakukan lembaga kemasyarakatan desa diantaranya menjadi pengerak masyarakat, penyambung informasi, pelaksana program, dan penasehat masyarakat. Serta didukung dengan peran Tokoh Agama sebagai edukator dan juga role model dalam kehidupan bermasyarakat. Faktor pendukung meliputi keterbukaan masyarakat dan konektivitas pemerintahan desa, sedangkan faktor penghambat meliputi pandangan negatif terhadap kelompok lain, rendahnya partisipasi pemuda dan tingginya mobilitas pendatang. Maka penelitian ini menegaskan pentingnya peran Tokoh Masyarakat dalam integrasi nilai toleransi.