Sungai Barito di Kalimantan Selatan merupakan jalur perairan vital yang menopang kehidupan masyarakat setempat, namun saat ini menghadapi tekanan yang semakin meningkat akibat aktivitas antropogenik, sehingga diperlukan penilaian terhadap kondisi kesehatan ekologisnya. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan tingkat keanekaragaman dan stabilitas komunitas plankton serta bentos sebagai bioindikator utama pada empat stasiun pengamatan di wilayah sungai. Penelitian menggunakan desain kuantitatif deskriptif dengan pengumpulan data primer melalui pengambilan sampel langsung di lapangan menggunakan jaring plankton standar dan alat pengambil sampel bentik. Komposisi, kelimpahan, dan distribusi organisme dianalisis menggunakan Indeks Keanekaragaman Shannon–Wiener (H’) dan Indeks Dominansi Simpson (D’). Hasil analisis mengidentifikasi 49 spesies fitoplankton, 20 spesies zooplankton, dan 3 spesies bentos. Temuan utama menunjukkan bahwa nilai total Indeks Keanekaragaman Shannon–Wiener (H’) pada seluruh stasiun berkisar antara 1,172 hingga 2,864, yang mengindikasikan kualitas perairan sungai tergolong tercemar sedang dengan stabilitas komunitas biotik pada tingkat sedang. Sementara itu, nilai Indeks Dominansi Simpson (D’) berkisar antara 0,362 hingga 0,884, yang menunjukkan tidak adanya dominansi spesies tunggal sehingga komunitas organisme masih relatif seimbang meskipun berada dalam kondisi tertekan. Hasil tersebut menegaskan bahwa beban pencemaran yang berasal dari aktivitas masyarakat dan industri telah terjadi, namun sungai masih memiliki kapasitas sedang dalam menampung beban pencemaran tersebut. Temuan ini menegaskan pentingnya pemantauan rutin oleh pemerintah serta pengelolaan yang proaktif guna mencegah peningkatan tingkat pencemaran yang dapat mengganggu daya dukung dan kapasitas asimilasi sungai, sehingga keberlanjutan ekosistem Sungai Barito dapat tetap terjaga dalam jangka panjang