Ikan mas (Cyprinus carpio) merupakan salah satu komoditas perikanan budidaya air tawar yang memiliki peran strategis dalam mendukung produksi perikanan nasional dan perekonomian masyarakat. Tingginya intensitas budidaya serta aktivitas lalu lintas ikan hidup antarwilayah meningkatkan risiko penyebaran penyakit ikan, khususnya penyakit viral yang bersifat sangat menular. Salah satu penyakit viral yang menjadi perhatian serius adalah Koi Herpes Virus (KHV), karena dapat menyebabkan tingkat mortalitas yang tinggi dan berdampak signifikan terhadap produksi, ekonomi, serta kelancaran perdagangan ikan. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan Koi Herpes Virus (KHV) dan menentukan tingkat prevalensinya pada komoditas ikan mas (Cyprinus carpio) yang dilalu-lintaskan di Balai Karantina Hewan, Ikan dan Tumbuhan Sulawesi Utara menggunakan metode Real Time Polymerase Chain Reaction (qPCR). Penelitian ini menggunakan desain deskriptif dengan pendekatan surveilans. Sampel penelitian berupa lima ekor ikan mas yang berasal dari kegiatan lalu lintas karantina. Deteksi KHV dilakukan melalui tahapan ekstraksi DNA dan amplifikasi target gen virus menggunakan metode qPCR, sedangkan tingkat prevalensi dihitung berdasarkan perbandingan jumlah sampel positif terhadap jumlah total sampel yang diperiksa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari lima sampel ikan mas yang diperiksa, satu sampel terdeteksi positif Koi Herpes Virus (KHV), sedangkan empat sampel lainnya menunjukkan hasil negatif. Berdasarkan hasil tersebut, tingkat prevalensi KHV pada ikan mas yang dilalu-lintaskan di Balai Karantina Hewan, Ikan dan Tumbuhan Sulawesi Utara sebesar 20%. Temuan ini menunjukkan bahwa meskipun sebagian besar ikan yang dilalu-lintaskan berada dalam kondisi negatif KHV, potensi masuk dan tersebarnya virus melalui lalu lintas ikan masih tetap ada. Dapat disimpulkan bahwa metode Real Time PCR (qPCR) efektif digunakan sebagai metode deteksi dini Koi Herpes Virus (KHV) karena memiliki sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi. Keberadaan KHV pada sebagian sampel ikan mas yang dilalu-lintaskan menegaskan pentingnya penguatan pengawasan karantina ikan serta pelaksanaan pemeriksaan laboratorium secara konsisten sebagai upaya pencegahan penyebaran penyakit ikan ke wilayah lain, sebagaimana direkomendasikan dalam sistem karantina ikan nasional.