Pengelolaan kelautan dan perikanan menghadapi tantangan yang sangat kompleks, khususnya terkait praktik penangkapan ikan yang merusak lingkungan yang masih terus terjadi meskipun telah ada peraturan pemerintah. Praktik-praktik tersebut, termasuk penggunaan bahan peledak dan racun, masih berlangsung di perairan Kota Jayapura. Penelitian ini bertujuan untuk merumuskan strategi pengendalian praktik penangkapan ikan yang merusak dengan menggunakan metode *Analytical Hierarchy Process* (AHP). Permasalahan utama yang dikaji adalah masih digunakannya bahan peledak dan zat beracun dalam kegiatan penangkapan ikan, meskipun langkah-langkah regulasi dan penegakan hukum telah diterapkan. Penelitian ini menggunakan pendekatan deskriptif kualitatif, dengan pengumpulan data melalui wawancara dan kuesioner yang melibatkan para ahli dari instansi terkait serta tokoh masyarakat adat. Analisis dilakukan dengan menyusun struktur hierarki, melakukan perbandingan berpasangan, normalisasi matriks, dan menghitung bobot prioritas. Hasil penelitian menunjukkan bahwa faktor ekonomi merupakan faktor paling dominan yang memengaruhi praktik penangkapan ikan yang merusak, dengan nilai prioritas tertinggi sebesar 0,728, diikuti oleh faktor sosial-budaya dan lingkungan. Pada tingkat aktor, tokoh masyarakat adat (Ondoafi) memegang peran paling signifikan dalam pengendalian praktik penangkapan ikan yang merusak, dengan nilai prioritas sebesar 0,370. Selanjutnya, alternatif strategi yang paling efektif adalah pelibatan tokoh masyarakat adat (0,279), diikuti oleh pembentukan koperasi nelayan dan penyediaan alat tangkap yang ramah lingkungan. Oleh karena itu, pendekatan berbasis kearifan lokal melalui penguatan peran tokoh adat, yang diintegrasikan dengan program pemberdayaan ekonomi nelayan, merupakan strategi utama yang direkomendasikan untuk mengendalikan praktik penangkapan ikan yang merusak di Kota Jayapura.