Rendahnya literasi digital peserta didik dalam pembelajaran Biologi menunjukkan perlunya inovasi pembelajaran yang lebih interaktif, kontekstual, dan berbasis teknologi. Pembelajaran yang masih didominasi pendekatan konvensional belum mampu mendorong keterlibatan aktif serta pengembangan kemampuan dalam mengakses, mengevaluasi, dan memanfaatkan informasi digital. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis peningkatan literasi digital peserta didik melalui penerapan media pembelajaran flipbook berbasis konteks lokal tanaman bunga sepatu (Hibiscus rosa-sinensis) dengan pendekatan Deep Learning. Penelitian ini menggunakan pendekatan kuantitatif dengan desain pre-experimental melalui rancangan one group pretest–posttest. Sebelum digunakan, instrumen penelitian divalidasi melalui expert judgment yang meliputi soal tes, modul ajar, lembar observasi aktivitas digital peserta didik, dan media pembelajaran. Hasil validasi menunjukkan persentase kelayakan soal tes sebesar 81,25% dengan kategori sangat layak, modul ajar sebesar 77,27% dengan kategori layak, lembar observasi aktivitas digital peserta didik sebesar 83,33% dengan kategori sangat layak, serta media pembelajaran sebesar 80% dengan kategori layak. Subjek penelitian berjumlah 31 peserta didik kelas X SMK Islam Al-Azhar Ledokombo. Data dikumpulkan melalui tes literasi digital, observasi, dan dokumentasi, kemudian dianalisis menggunakan statistik deskriptif dan inferensial, meliputi uji normalitas Shapiro–Wilk, paired sample t-test, dan analisis N-Gain. Hasil penelitian menunjukkan adanya peningkatan literasi digital peserta didik, ditunjukkan oleh kenaikan nilai rata-rata dari 59,2 menjadi 76,9 serta perbedaan yang signifikan antara hasil pretest dan posttest (p < 0,05). Nilai N-Gain sebesar 0,43 berada pada kategori sedang, yang menunjukkan bahwa penggunaan media flipbook cukup efektif dalam meningkatkan literasi digital peserta didik. Selain itu, terjadi peningkatan aktivitas dan keterlibatan digital peserta didik selama proses pembelajaran. Dengan demikian, integrasi media pembelajaran digital berbasis konteks lokal dengan pendekatan Deep learning dapat menjadi alternatif yang efektif dalam meningkatkan literasi digital peserta didik, meskipun masih terdapat keterbatasan pada aspek desain penelitian dan jumlah sampel.