Sistem logistik ekspor tuna Bali bergantung pada dua moda penerbangan: belly cargo dan pelayaran langsung yang rentan terhadap disrupsi kebijakan. Penelitian ini bertujuan untuk: (1) menganalisis perubahan kuantitatif kebijakan PSBB dan PPKM terhadap volume dan nilai ekspor tuna Bali; (2) menguji hubungan kapasitas moda logistik udara dengan kinerja ekspor serta menjelaskan divergensi volume dan nilai ekspor; dan (3) mengevaluasi kapasitas pemulihan struktural sistem logistik ekspor tuna Bali pada periode pasca-pandemi. Data dari Oktober 2016–Juni 2023 dianalisis menggunakan Seasonal-Trend decomposition Loess (STL), Auto Regressive Integrated Moving Average (ARIMA), dan Multiple Interrupted Time Series Analysis (MITSA) dengan koreksi Newey-West. MITSA mengonfirmasi bahwa PSBB April 2020 menyebabkan penurunan level nilai ekspor sebesar -USD 7.718.352 (p = 0,0000829***), sedangkan PPKM Darurat Juli 2021 menghasilkan divergensi: volume ekspor relatif stabil, sementara nilai ekspor menunjukkan kecenderungan penurunan yang persisten, mengindikasikan tekanan ekonomi yang tidak tercermin hanya dari volume ekspor. Data penerbangan internasional Bandara I Gusti Ngurah Rai mengonfirmasi collapse -99,7% pada fase PSBB1, dengan regresi menunjukkan hubungan kuat antara frekuensi penerbangan dan nilai ekspor (r = 0,923; p < 0,001). Disrupsi moda laut dikonfirmasi melalui keputusan Meratus Line menghentikan layanan dari Pelabuhan Benoa (blank sailings) sejak April 2020. Temuan menunjukkan indikasi perubahan struktural pada sistem logistik dual-moda Bali, dari mode efisien menuju mode defensif. Diperlukan strategi logistik berbasis data dan kebijakan nasional untuk memulihkan daya saing ekspor perikanan Indonesia.