Penelitian ini menganalisis transformasi tata kelola pemerintahan di Kota Yogyakarta periode 2016–2025 melalui perspektif collaborative governance dan network governance. Berbeda dengan penelitian sebelumnya yang berfokus pada implementasi kerja sama daerah pada sektor tertentu, studi ini memanfaatkan data longitudinal kerja sama daerah untuk menelusuri dinamika transformasi tata kelola pemerintahan. Penelitian menggunakan pendekatan kuantitatif deskriptif yang dipadukan dengan governance analysis. Analisis dilakukan berdasarkan empat indikator, yaitu intensitas kerja sama, dominasi Perjanjian Kerja Sama (PKS), keragaman bidang urusan pemerintahan, dan perluasan jejaring kemitraan multipihak. Data diperoleh dari basis data kerja sama daerah, dokumen kerja sama, laporan monitoring dan evaluasi, serta dokumen perencanaan pembangunan daerah Pemerintah Kota Yogyakarta. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kerja sama daerah telah bergeser dari instrumen administratif menjadi instrumen strategis tata kelola pemerintahan. Dominasi PKS menunjukkan orientasi implementasi yang semakin kuat, sedangkan meningkatnya keterlibatan pemerintah, perguruan tinggi, dunia usaha, dan masyarakat mencerminkan perluasan jejaring kolaboratif. Penelitian ini menegaskan bahwa perkembangan kerja sama daerah dapat menjadi indikator transformasi tata kelola pemerintahan serta memberikan masukan bagi pemerintah daerah dalam merancang kebijakan kerja sama yang lebih kolaboratif guna memperkuat kapasitas kelembagaan dan kualitas pelayanan publik. This study examines the transformation of local governance in Yogyakarta City during 2016–2025 through the perspectives of collaborative governance and network governance. Unlike previous studies focusing on the implementation of regional cooperation in specific sectors, this research employs longitudinal regional cooperation data to analyze governance transformation. A descriptive quantitative approach combined with governance analysis was applied using four indicators: cooperation intensity, the predominance of Cooperation Agreements (Perjanjian Kerja Sama/PKS), diversity of governmental affairs, and expansion of multi-stakeholder partnership networks. Data were collected from regional cooperation databases, cooperation documents, monitoring and evaluation reports, and regional development planning documents. The findings reveal that regional cooperation has evolved from an administrative mechanism into a strategic governance instrument. The predominance of PKS reflects a stronger implementation-oriented approach, while increasing participation by government agencies, universities, the private sector, and civil society indicates broader collaborative networks. The study demonstrates that the evolution of regional cooperation can serve as an indicator of governance transformation. These findings contribute to the literature on collaborative and network governance while providing practical guidance for local governments to design more collaborative regional cooperation policies that strengthen institutional capacity and improve public service delivery.