Bioteknologi pangan berbasis rekayasa genetika (GMO) sering dipromosikan sebagai solusi strategis menghadapi krisis pangan, perubahan iklim, dan degradasi lahan global. Namun, landasan pengembangannya berakar pada paradigma sains modern yang bersifat sekuler dan mendesakralisasi alam. Kontras antara pendekatan saintifik "bebas-nilai" dan perspektif sains sakral yang bertauhid memunculkan pertanyaan filosofis mendalam: apakah GMO merupakan bentuk perubahan terhadap ciptaan Allah (taghir khalqillah) yang melampaui kodrat, atau justru wujud optimalisasi alam dalam kerangka amanah kekhalifahan. Penelitian ini menganalisis status ontologis, epistemologis, dan aksiologis GMO melalui perspektif Sacred Science Seyyed Hossein Nasr, dengan mengintegrasikan gagasan Islamisasi ilmu dari Syed Muhammad Naquib al-Attas dan Ismail Raji al-Faruqi. Menggunakan metode kualitatif deskriptif melalui studi kepustakaan, analisis ontologis mengungkap bahwa masalah mendasar GMO terletak pada worldview yang mereduksi makhluk hidup menjadi sekadar objek manipulasi teknis dan komoditas. Secara epistemologis, paradigma ilmu bebas-nilai dikritik karena mengabaikan wahyu, sehingga diperlukan rekonstruksi epistemologi tauhid yang menyinergikan wahyu, akal, dan empiris dalam menilai risiko-manfaat GMO. Dari segi aksiologi, penerimaan GMO harus memenuhi prinsip maqaṣid al-syariʿah, ḥalalan ṭayyiban, keadilan sosial, dan kelestarian lingkungan. Penelitian ini menyimpulkan perlunya membangun paradigma "bioteknologi profetik" yang memadukan kemajuan rekayasa genetika dengan kesadaran kosmos sakral dan etika tauhid.