Abstrak: Penelitian ini mengkaji desain, implementasi, dan model pembelajaran deep learning pada mata pelajaran Pendidikan Agama Islam dan Budi Pekerti (PAI-BP) dalam pembinaan akhlakul karimah siswa di SMP Modern Al-Rifa'ie Gondanglegi Kabupaten Malang. Menggunakan pendekatan kualitatif dengan jenis studi kasus intrinsik (Creswell & Poth, 2018; Yin, 2018), data dikumpulkan melalui wawancara mendalam semi-terstruktur, observasi partisipan moderat, dan studi dokumentasi. Analisis data menggunakan model interaktif Miles, Huberman, dan SaldaƱa (2014). Temuan menunjukkan tiga dimensi yang saling berkaitan: (1) desain pembelajaran mengintegrasikan prinsip mindful, meaningful, dan joyful learning dalam kerangka holistik berorientasi transfer nilai, dioperasionalkan melalui materi kontekstual, strategi student-centered, dan evaluasi holistik via Rapor Ma'rifa; (2) implementasi berlangsung melalui aktivitas reflektif, kontekstual, partisipatif, dan aman secara emosional yang ditopang budaya pesantren dan kolaborasi antarpendidik yang sistemik; serta (3) model yang dihasilkan memiliki enam karakteristik distingtif orientasi transfer nilai, integrasi budaya pesantren, student-centeredness, penekanan refleksi dan internalisasi nilai, integrasi prinsip mindful-meaningful-joyful, dan evaluasi holistik yang tersusun dalam tujuh sintaks siklikal. Penelitian ini berkontribusi pada pengembangan model pembelajaran deep learning PAI-BP yang kontekstual dan koheren secara teoritis sebagai jembatan antara pengetahuan agama dan perilaku moral siswa SMP berbasis pesantren.