Kebijakan Integrasi Layanan Primer merupakan strategi transformasi kesehatan nasional yang mengorganisasikan pelayanan Puskesmas berdasarkan pendekatan siklus hidup, namun implementasinya di wilayah 3T seperti Kabupaten Asmat menghadapi tantangan geografis rawa dan kepulauan yang berpotensi memengaruhi kualitas layanan dan kepuasan pasien. Minimnya kajian empiris mengenai dampak ILP di Provinsi Papua Selatan menjadikan evaluasi implementasinya penting sebagai dasar advokasi kebijakan daerah. Penelitian ini bertujuan menganalisis pengaruh klaster layanan, alur pelayanan, SDM dan sumber daya, serta sistem informasi terhadap kepuasan pasien di Puskesmas Agats. Desain penelitian bersifat kuantitatif dengan desain survei deskriptif-analitik pada 100 responden yang dipilih melalui teknik accidental sampling, menggunakan kuesioner terstruktur dan dianalisis secara univariat, bivariat (Chi-Square), serta multivariat (regresi logistik berganda). Hasil univariat menunjukkan 65 persen responden menyatakan puas terhadap pelayanan, dengan alur pelayanan (79%), sistem informasi (77%), SDM dan sumber daya (74%), dan klaster layanan (70%) dinilai baik. Analisis bivariat membuktikan keempat variabel berhubungan bermakna dengan kepuasan pasien (p<0,05), sedangkan analisis multivariat menunjukkan alur pelayanan sebagai faktor paling dominan (Sig=0,000; Exp(B)=0,086), diikuti klaster layanan (Sig=0,002; Exp(B)=0,163), sedangkan SDM dan sumber daya (Sig=0,076) serta sistem informasi (Sig=0,055) tidak berpengaruh signifikan secara parsial, dengan Nagelkerke R Square 0,483. Implementasi ILP terbukti berpengaruh signifikan terhadap kepuasan pasien, sehingga penguatan alur pelayanan dan struktur klaster perlu menjadi prioritas manajemen Puskesmas di wilayah terpencil.