Stunting masih menjadi permasalahan kesehatan masyarakat yang serius di Indonesia dengan prevalensi mencapai 31 persen pada tahun 2022 (Kementerian Kesehatan RI, 2022). Desa Jungkat menghadapi tantangan sanitasi dengan prevalensi praktik buang air besar sembarangan yang mencapai 83,7 persen dan prevalensi stunting sebesar 8,77 persen, sementara Desa Peniti Luar telah mencapai status bebas BABS dengan cakupan akses toilet layak lebih dari 90 persen. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh perilaku buang air besar sembarangan, jenis kelamin, dan status gizi terhadap kejadian stunting pada anak balita di kedua desa. Penelitian menggunakan desain cross-sectional dengan sampel sebanyak 339 balita yang terdiri dari 257 balita di Desa Jungkat dan 82 balita di Desa Peniti Luar. Pengumpulan data dilakukan melalui wawancara terstruktur, observasi langsung, dan pengukuran antropometri. Analisis data meliputi analisis univariat, bivariat menggunakan uji Chi-Square, dan multivariat menggunakan regresi logistik berganda. Prevalensi stunting di wilayah penelitian mencapai 20,9 persen dengan prevalensi praktik BABS sebesar 64,0 persen. Analisis multivariat menunjukkan bahwa praktik BABS dan status gizi merupakan faktor yang berpengaruh secara independen terhadap kejadian stunting. Balita yang tinggal di rumah tangga dengan praktik BABS memiliki risiko 11,69 kali lebih besar untuk mengalami stunting setelah dikontrol status gizi. Status gizi merupakan prediktor terkuat dengan balita berstatus gizi kurang memiliki risiko 54,15 kali lebih besar untuk mengalami stunting setelah dikontrol praktik BABS. Model regresi logistik yang terbentuk mampu menjelaskan 35,7 persen variabilitas kejadian stunting. Upaya pencegahan stunting harus menggunakan pendekatan komprehensif yang mengintegrasikan intervensi gizi dan sanitasi secara simultan dengan fokus pada periode kritis 1000 hari pertama kehidupan dan penguatan sistem monitoring berbasis komunitas.