Pengelolaan pembelajaran dalam jaringan (daring) pada masa pandemi Covid-19 memerlukan komitmen dan dedikasi yang tinggi dari guru agar dapat tercipta pembelajaran yang efektif dan efisien. Hal ini bukanlah sesuatu yang mudah. Banyak kendala yang dihadapi dalam mengelola pembelajaran pada masa pandemi Covid-19. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendeskripsikan dan menjelaskan pengelolaaan pembelajaran Sains pada masa pandemi Covid-19 yang difokuskan pada perencanaan pembelajaran, pelaksanaan pembelajaran, penilaian pembelajaran, dan faktor-faktor yang memengaruhinya. Penelitian ini adalah penelitian kualitatif dengan pendekatan fenomenologi. Teknik pengumpulan data melalui studi dokumen, observasi, dan wawancara. Hasil penelitian menunjukkan bahwa: (a) Perencanaan pembelajaran berupa silabus dan RPP. Komponen silabus berpedoman pada Permendikbud Nomor 22 Tahun 2016. Komponen RPP berpedoman pada Surat Edaran Mendikbud Nomor 14 Tahun 2019, tetapi tujuan pembelajaran belum mengacu pada kompetensi dasar; (b) Pelaksanaan pembelajaran berjalan kurang sesuai dengan RPP yang disiapkan; (c) Penilaian pembelajaran meliputi tiga aspek yaitu penilaian sikap, pengetahuan, dan keterampilan. Penilaian sikap dan pengetahuan terlaksana dengan baik, tetapi penilaian keterampilan masih jarang dilakukan; dan (d) Faktor-faktor pendukung pengelolaan pembelajaran meliputi pelatihan peningkatan kompetensi guru, buku pegangan peserta didik, handphone, layanan e-learning Melajah.id., dan bantuan kuota internet dari pemerintah, sedangkan faktor-faktor penghambat meliputi kesulitan menyusun tujuan pembelajaran, rendahnya motivasi belajar peserta didik, tidak adanya interaksi langsung antara guru dengan peserta didik, dan keterbatasan kuota internet. Berdasarkan temuan tersebut dapat disimpulkan bahwa pengelolaan pembelajaran Sains pada masa pandemi Covid-19 belum berjalan optimal.