Penelitian tentang keragaman fenetik jenis lamun di perairan pantai Pulau Ambon yang meliputi pantai Desa Suli, pantai Desa Poka dan pantai Desa Morela belum pernah dilakukan sebelumnya. Tujuan dari penelitian ini ialah untuk mengetahui keragamanan fenetik lamun di perairan pantai Pulau Ambon berdasarkan karakteristik morfometrik dan meristik. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif yaitu untuk mengungkapkan informasi tentang variasi morfometrik dan meristik dari jenis-jenis lamun yang terdapat di perairan Pantai Pulau Ambon. Penelitian telah dilakukan pada bulan Agustus 2020 hingga Nopember 2020. Sebanyak 20 individu dari setiap jenis lamun di setiap stasiun diambil secara purposive sampling dan selanjutnya dibawa ke Laboratorium Biologi Dasar FKIP Universitas Pattimura untuk dilakukan pengamatan dan pengukuran morfometrik serta meristiknya. Penelitian ini terdiri dari beberapa tahap yakni observasi awal, pengambilan spesimen lamun, analisis morfometrik dan meristik, analisis keragamanan fenetik. Data hasil morfometrik dan meristik dianalisis menggunakan program PAST 4 berdasarkan acuan Analisis Komponen Utama (AKU). Kehadiran jenis lamun di perairan pantai Pulau Ambon adalah; Desa Suli sebanyak 7 spesies, Desa Poka 4 spesies, dan Desa Morela 5 spesies dengan hasil rata-rata morfometrik dan meristik yang bervariasi pada setiap stasiun baik yang sejenis maupun yang berbeda jenis. Hasil morfometrik dan meristik yang berbeda-beda pada setiap jenis lamun yang terdapat pada perairan pantai Pulau Ambon mempengaruhi konstruk dendogram dan menggambarkan keragaman fenetik jenis lamun di perairan Pantai Pulau Ambon.