Penelitian ini dilatarbelakangi bahwa inovasi dan transformasi ini sebenarnya bisa dipandang sebagai upaya pesantren salafiyah/tradisional dalam mempertahankan diri sebagai respon perubahan dan tuntutan zaman, sebagaimana makhluk hidup yang memiliki naluri alamiah untuk berusaha mempertahankan kelangsungan hidupnya dalam segala kondisi. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui transformasi dan inovasi kepemimpinan di Pondok Pesantren. Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif. Sifat penelitian ini adalah deskriptif data yang diperoleh melalui metode penelitian yang bersifat Deskriptif data yang diperoleh melalui metode Interview, Observasi, Dokumentasi, dan analisis data diperoleh secara kualitatif disimpulkan dengan cara berfikir induktif. Dari hasil penelitian ini menunjukkan bahwa walaupun dalam hal ini muncul kekhawatiran tentang fungsi dari pesantren yang melakukan inovasi dan transformasi karena berpotensi menghilangkan ciri khas atau identitas pesantren itu sendiri. Pondok Pesantren Pagelaran 3 (tiga) sebagai pesantren salafiyah/tradisional telah memperlihatkan bahwa dengan kemauan berinovasi mampu bertransformasi tanpa menghilangkan tradisi kesalafiyahannya. Inovasi yang dilakukannya dalam bentuk rekayasa pada bidang manajemen sebagai solusi dari permasalahan yang dihadapi, yaitu transformasi kepemimpinan, transformasi kurikulum pendidikan pesantren, serta transformasi pola pengasuhan santri.