Penyakit yang disebabkan oleh cendawan pada bibit Acacia crassicarpa (Akasia) sangat berpotensi menimbulkan kerusakan pada bibit dan dapat terbawa benih. Bentuk kerusakan karena serangan patogen sangat bervariasi, bergantung pada jenis patogen, benih dan faktor lingkungan. Oleh karena itu dilakukan penelitian yang bertujuan untuk isolasi dan identifikasi patogen terbawa benih Akasia. Benih yang digunakan sebagai sumber isolat yaitu benih yang disimpan di Dry Cold Storage (DCS) dengan tahun panen benih 2012, 2015 dan 2016. Isolasi cendawan dari benih dilakukan dengan meletakkan benih di atas medium agar PPA dan dipurifikasi pada medisum PSA. Karakterisasi secara mikroskopik menunjukkan bahwa cendawan yang diisolasi terdiri dari 4 genus, yaitu Aspergillus, Rhizopus, Penicillium dan Fusarium. Isolat yang secara mikroskopis termasuk genus Fusarium diidentifikasi secara molekuler berdasarkan Internal Transcribed Spacer (ITS). Hasil BLAST menunjukkan bahwa sekuen (ITS) isolat 2012 dan 2016 dengan ukuran 570-580 bp memiliki kemiripan paling dekat dengan cendawan kelompok Fusarium sp. Nilai max identity isolat uji sebesar 88,87% (isolat 2012) dan 87,55% (isolat 2016). Hasil uji patogenisitas cendawan Fusarium sp. secara in vitro menunjukkan bahwa tidak ada gejala nekrosis yang muncul selama pengamatan. Dapat disimpulkan bahwa Fusarium yang diisolasi diduga tidak bersifat patogen.