Penelitian ini bertujuan untuk untuk mengidentifikasi penyebab meluapnya air Sungai Wai Ruhu dan Wai Batu Merah di Kota Ambon ditinjau dari aspek hidrologi daerah aliran sungai, serta mengevaluasi kemampuan sistem drainase yang sudah ada dalam melayani kebutuhan di Kota Ambon. Data curah hujan harian, data tinggi muka air sungai, peta DAS, peta topografi, data kejadian banjir digunakan sebagai data sekunder dan primer penelitian ini. Metode analisis yang digunakan pada penelitian ini adalah analisis statistik data hidrologi, analisis intensitas hujan, analisis debit banjir rencana, analisis hidrograf banjir rencana, pemodelan dengan program HEC-RAS dan analisis kemampuan saluran drainase. Hasil analisis penelitian ini menunjukkan bahwabanjir terjadi di beberapa titik pada DAS Wai Ruhu akibat hujan dengan periode ulang 50 tahunan, dimana debit banjir maksimum yang terjadi berdasarkan hasil analisis adalah sebesar 237,31 m3/detik. Banjir juga terjadi di beberapa titik pada DAS Wai Batu Merah akibat hujan dengan periode ulang 50 tahunan, dimana debit banjir maksimum yang terjadi berdasarkan hasil analisis adalah sebesar 140,4 m3/detik, hal ini terjadi juga dikarenakan adanya pendangkalan sungai di titik-titik tertentu pada kedua sungai tersebut. Dengan debit yang besar pada kedua sungai tersebut mengakibatkan luapan pada sebagian besar daerah sungai, terutama di bagian hilir.